清朝統治了臺灣213年，自始至終都由官方主導推崇媽祖信仰，所以清朝媽祖信仰在臺灣得到了很大的普及和發展。

史料和文物資料之中都能看出，但凡是去臺灣履任的清朝文武官員，都會采用某種方式表達對媽祖信仰的倡導。

比如，他們非常熱衷于倡導修建媽祖宮廟，根據地方志和碑文等史料的記載，清朝臺灣地區的媽祖廟，有三分之一是官方直接插手創建或者重建的。

臺灣第一座官建的媽祖廟就是康熙年間修建，是奉旨專征臺灣的福建水師提督施瑯主持修建的。

在一些水路交通要口或者市集繁榮的地方，著名的媽祖廟大多是官民合建。

清代的官員們不僅熱衷于修建媽祖宮廟，還會想方設法為神廟維系香火。官員們都是首先帶頭捐獻地產，比如施瑯主持修建媽祖廟之后，上奏朝廷設置了官方的莊園，召集民眾來開墾種地，收入都用來維系媽祖廟的經費。

清朝皇帝向媽祖廟獻匾額也是十分普遍的現象，康熙三二十三年臺灣府城天妃宮建成，康熙皇帝親自賜匾額：輝煌海澨。后來雍正帝、乾隆帝和光緒帝都曾經給臺灣媽祖宮廟賜匾額。皇帝如此，所以后來來這里履任的官員都紛紛前往宮廟朝拜。

從皇帝到履任的官員都如此重視媽祖信仰，這和當時的政治環境有著密切的聯系。

統治者希望通過宣傳媽祖來達到政治穩定的目的。臺灣一島孤懸海外，鄭氏子孫20多年的統治是客觀存在的，清朝要實現對臺灣的治理，一定會經歷一段時間的磨合期。在乾隆以前，大大小小發生過很多次沖突，甚至需要大規模的鎮壓才能平定。

清朝統治者很清楚，僅僅是靠武裝鎮壓是不可能從根本上去解決問題的，想要謀求臺灣的穩定，就需要安撫民心，所以就想到利用媽祖信仰來引導民心歸順朝廷。

最主要的一種方式就是官方將每一次鎮壓暴動美化成由媽祖保佑的正義的戰爭，并且通過各種手段來進行宣傳。

媽祖從宋代開始，就有幫助官兵擊退金兵、清剿海寇等克敵的神職功能，所以她也有“戰神”的美名。到了清朝，助戰已經是媽祖重要的神職之一。

例如當年只會鎮壓朱一貴暴動的水師提督藍廷珍，就在雍正賜臺南大天后宮匾額上面附款說：康熙辛丑夏四月，余統師平臺，舟至鹿耳門時，海潮盈添數尺，舟師得被勇前進，先克安平，皆神明顯應之力。

乾隆五十一年，臺灣發生了歷史上最大的以林爽文率領的以天地會成員為主的民暴。

這次天地會暴動之所以引起朝野震動，因為林部殺死了知府、知縣等數十名官員。乾隆皇帝令閩浙總督常青督師入臺平暴，另調兩廣總督李侍堯接替閩督，后來因為常青督師不力被撤換，才改特調陜甘總督福康安以欽差協辦大學士銜辦理將軍事務，可以說是相當重視。

在整個平暴的過程之中，乾隆皇帝一直對天后的保佑寄予厚望，一再警告誡常青、李侍堯、福康安等大臣，一定要對媽祖虔誠供奉祭祀。

其實這種宣傳方式也不是清朝官員的首創，鄭成功收復臺灣之后，也有傳說稱潮幫受到了媽祖的幫助。

清朝廷為了穩定島內，曾經多次對臺灣用兵，參戰的大多都是閔浙沿海的水師，他們大多都信奉媽祖為保護神。

在渡海或者戰爭的過程之中，軍中常常會遇到幸運的事情，所以有著各種媽祖顯靈的傳聞。而作為統兵的將帥，會肯定這種傳說，因為他們也希望利用這種傳說來凝聚軍心，鼓舞士氣。

軍官們不僅會一同傳播，還會將這些“顯靈”的事情上報給朝廷，請求朝廷的褒獎。

清朝的官員們身份都比較特殊，大大小小的官員都是從內地調派的，從雍正年之后，無論是文官還是武官都不允許帶著眷屬前往臺灣任職，雍正只恩準年四十尚無子嗣的青年官員可以帶一名配偶隨任。

統治者不允許臺灣當地人在臺灣當官，臺灣當地的進士或者舉人，只能前往內地任職。

所以，臺灣的文武官員普遍都非常孤寂，這里沒有親朋，常常會思念家鄉，就將這種思鄉的情緒寄托在對神佛的崇拜之上。

當初他們乘船來到臺灣的時候，就向媽祖祈禱過保佑海上平安，媽祖的形象親切慈祥，流落在外的人容易將其視為慈母，這些人將媽祖視為心靈的寄托。

同時在這里任職的官員沒有任何親人協助，他們也隨時可能面對暴動，為了自己的性命安全，也為了自己任職期間的政治穩定和官場利益，他們也希望媽祖能夠庇佑自己，順利平安度過任期。

到了嘉慶年間，臺灣的社會主要矛盾不再是民間的反清運動，而是不同祖籍地的移民之間產生的矛盾，而且出現了多次族群的械斗，為的例如搶奪水源或者田地等等，后來愈演愈烈，引起的社會動亂已經到了非常嚴重的程度。

這些內地的移民主要來自福建的泉州、漳州和廣東。他們供奉的鄉土守護神各不相同，動了后期，為了侮辱對方，他們在械斗的時候最先對神廟下手，甚至盜走神像，以逼迫對方屈服。

執政者為了調解矛盾就不得不家加大推崇媽祖信仰，因為媽祖是唯一一位超地域、超階層的神明，以這種方式矛盾慢慢得以平息。

從臺灣媽祖廟的題匾可以看出，媽祖信仰成了該地區官民的巨大精神支柱，不僅僅是平民百姓渡海，海上護軍也是她的神職之一。

另外，媽祖還護佑著軍民抗擊侵略者，幫助同鄉聯誼、保佑功名科舉，乃至于賜人醫藥、祈雨求福等等。

媽祖在臺灣地區成為如此重要的水神，和朝廷官員的推廣以及多元化、與時俱進的職能有著密切的關系。在不同的歷史時期媽祖都能夠馬上適應人們的精神需要，成了護國神、除寇神、助戰神，