抗日戰爭全面爆發后，國共兩黨開始合作抗日，陜北一帶的紅軍主力改編為八路軍，南方八省的紅軍游擊隊改編為新四軍。據國民政府統計，新四軍成立前南方八省的紅軍游擊隊總兵力為16400人，槍9260支。但新四軍成立時總兵力僅有10300人，槍6200支，那么剩余的6000人去哪了呢？

陜北一帶的紅軍改編為八路軍時總兵力7萬余人，但蔣介石只給了三個師的番號，每個師定員15000人。這就導致2萬多紅軍官兵無法進入三大主力師，他們當中絕大多數進入了八路軍留守兵團，還有的進入了陜甘寧的保安部隊，最后剩下的一批人則被安排到地方工作。

但新四軍是軍級番號，即便16000人的紅軍游擊隊都改編為新四軍，也不存在超編的情況，因此不可能將部分游擊隊的官兵們遣散或者安排到地方任職。那么問題來了，剩余的6000余名游擊隊官兵究竟去了哪里了呢？新四軍改編時，南方八省至少還有16支紅軍游擊隊。

他們分別是贛粵邊游擊區；閩贛邊游擊區；閩西游擊區；閩粵邊游擊區；皖浙贛邊游擊區；浙南游擊區；閩北游擊區；閩東游擊區；湘鄂贛邊游擊區；湘贛邊游擊區；湘南游擊區；鄂豫皖邊游擊區；鄂豫邊游擊區；瓊崖游擊區；贛東北游擊隊和贛北游擊隊。

據國民政府統計，這16個游擊區的游擊隊總兵力為16400人，那么為何僅有10300人被改編為新四軍了呢？這其中有四個原因。第一個原因是有的游擊隊輕信敵人，疏于防范，在改編的過程中遭到了極大的損失。比如劉突軍和楊采衡領導的閩中游擊隊，輕信了國民黨的謊言，按敵人的要求開進了泉州城點檢，結果被包圍繳械。

大隊長劉突軍被敵人殘忍殺害，閩中游擊隊也由此解體。同樣的情況也發生在了閩粵邊游擊區游擊隊身上，當時游擊隊原領導人黃會聰已經病逝，何鳴任特委代書記。由于斗爭經驗不足，何鳴在部隊改編時未能識破敵人的詭計，按照敵人的要求把一個團的紅軍官兵開進了漳浦縣城集中點檢。

在點檢武器的時候，國民黨一個師突襲會場，將游擊隊包圍。此時游擊隊官兵雖然有一千余人，但武器已經上交，徒手空拳之下根本無法反抗。由于何鳴輕信敵人，給閩粵邊游擊隊造成了慘重的損失。后來他經過多種途徑逃出了漳浦縣，輾轉之后找到了新四軍軍部。

新四軍領導人認為何鳴應該對閩粵邊游擊隊的損失負全責，因此將他槍斃。新中國成立后，何鳴被追認為革命烈士。由于輕信敵人，疏于防范，閩中游擊隊和閩粵邊游擊隊在改編為新四軍的過程中都付出了慘痛的犧牲，這兩支游擊隊的總兵力加起來超過了1300人。

這樣一來，按照國民政府的統計，總兵力16400人的紅軍游擊隊就只剩下15100人了。此時在改編的過程中又出現了第二種情況，這就是馮白駒領導的瓊崖紅軍游擊隊。抗日戰爭全面爆發后，瓊崖紅軍游擊隊原本計劃北上到安徽歙縣巖寺加入新四軍。但馮白駒到塔市鄉演村指導當地紅軍游擊隊下山改編的時候，卻被早有預謀的國民黨特務非法逮捕。

馮白駒在海南一帶有很高的威望，影響很大，敵人妄圖對他誘降，許以高官厚祿。遭到拒絕后，又派馮白駒的中學老師前來勸降，再次遭到失敗。馮白駒被捕后，激起了海南人民的強烈憤慨，人們紛紛走上街頭，要求釋放馮白駒。周總理也向蔣介石提出了嚴重抗議，在多方面的壓力下，國民黨被迫將馮白駒釋放。

之后國民黨又耍了一個陰謀，要求馮白駒率瓊崖紅軍游擊隊到海口點檢，否則就不讓游擊隊北上。馮白駒識破了敵人的陰謀詭計，堅決不去海口，只同意到老游擊區云龍鄉接受改編，雙方為此爭執了大半年。1938年10月，日寇在大亞灣登陸，為了保衛廣州，駐海南島的國軍152師渡海北上。

這樣一來，海南島的國軍就只剩下了兩個保安團，兵力嚴重不足。迫于形勢，海南島保安司令王毅主動找馮白駒談判，同意瓊崖紅軍游擊隊在云龍鄉改編。此時新四軍早已組建完畢，并奔赴抗日戰場。瓊崖紅軍游擊隊因此未能加入新四軍，最終被改編為廣東民眾抗日自衛團第十四區獨立隊。

此外，改編過程中還存在第三種情況，那就是有一支紅軍游擊隊死活不肯下山，最終被蔣軍給消滅了，這就是贛東北工農紅軍游擊大隊。南方八省的紅軍游擊隊長期在敵后的山區作戰，消息十分閉塞，幾乎與世隔絕，吃過叛徒和敵人不少苦頭，一些游擊隊的領導人因此懷疑心很重。

1937年冬季，時任湘鄂贛軍區紅16師政委的明安樓，奉命通知贛北游擊隊領導人劉為泗下山改編，結果被其當成叛徒槍斃。陳毅到湘贛邊游擊隊通知他們下山改編的時候，被譚余保誤認為叛徒，綁起來吊了四天三夜，差點被殺。在當時來看，這種情況其實并不奇怪，國民黨圍攻紅軍十年，不少人眼睜睜地看著戰友在自己身邊死去，因此對敵人充滿了憤恨。

現在突然有人說要他們下山接受改編，和國民黨一起抗日，這么大幅度的轉變，一般人還真接受不了。而且一些國民黨部隊還不講信譽，趁紅軍游擊隊下山的時候對他們動手。贛東北工農紅軍游擊大隊就吃過這方面的虧，當時游擊隊領導人楊文翰和裴月山派先頭部隊下山接受改編，結果被敵人伏擊，全軍覆沒。

這件事情過后，楊文翰和裴月山再也不相信改編了，并先后殺害了四批前來通知他們下山的同志，其中還包括他們的老上級關英。就這樣贛東北工農紅軍游擊大隊一直在山上堅持斗爭，1943年4月的時候，蔣軍派重兵前來圍攻，贛東北工農紅軍游擊大隊苦戰后失利，全軍覆沒，楊文翰和裴月山也被敵人殺害。

閩中游擊隊和閩粵邊區游擊隊由于輕信敵人，在下山改編的時候被敵人包圍繳械，這兩支游擊隊的總兵力達到了1300人；馮白駒率領的瓊崖紅軍游擊隊由于國民黨的阻撓錯過了加入新四軍的時機，這支游擊隊當時有300余人；楊文翰和裴月山領導的贛東北工農紅軍游擊大隊拒絕下山改編，最終被蔣軍消滅，當時他們的總兵力為500余人。

按照國民黨政府的統計，改編前南方八省的紅軍游擊隊總兵力為16400人，而新四軍成立的時候只有10300人，兩者之間相差了6100人。改編過程中有1300人被國民黨繳械，300人沒有加入新四軍，還有500人沒有下山改編最終被蔣軍消滅。6100減去2100，還有4000人的差額。那么這4000人又到哪里去了呢？

實際上，這4000人并沒有憑空消失，而是在改編之前就被蔣軍給消滅了，其中損失比較大的當屬劉英和粟裕領導的浙南游擊區及黃道、吳先喜領導的閩北游擊區。1936年底的時候，浙南游擊區的紅軍總兵力達到了1600余人，1937年上半年，蔣軍出動重兵前來圍攻，紅軍苦戰后雖然將敵人打退，但自身遭到了很大的損失，總兵力僅剩下400多人。

閩北游擊區在1936年年的時候達到鼎盛時期，總兵力3000余人。但在1937年的時候遭到了敵人的重兵圍堵，幾番苦戰后僅剩下800余人。浙南游擊區和閩北游擊區加起來共減員3400人，其他游擊區也存在一些減員的情況。而國民政府的統計時間為1937年年初，因此沒有把紅軍游擊隊的這些減員統計在內，這就是6000人差額的由來。