順治元年（1644年）十一月，剛剛入關的清朝開始進行了一系列安撫人心的行為，因為是打著替明朝復仇的旗號，所以對于前明在北京昌平天壽山的十三座帝陵，開始形成定制，都是設看守，但是唯獨萬歷帝的定陵不守看守。

《清世祖實錄》是如此記載：“先是設看守故明十三陵，每陵夫二十四名，田二十二頃。至是定制，除萬歷陵不設外，其十二陵，各設太監二名，夫八名，照役給田，仍命戶部量給歲時祭品。”

簡單來說，在之前剛剛入主北京的時候，清廷就下令看守明十三陵，每一座帝陵，派守陵夫役二十四名，并撥給田地二十二頃，約2200畝，用來供養這些守陵人。此次正式形成定制，除卻萬歷帝的定陵，不設置守陵人員以外，其余十二座帝陵，每陵各設太監二名，夫役八名，照舊給田，依舊由戶部負責祭祀所用的祭品。

之所以形成定制，并且將萬歷帝定陵排除在外，主要是因為清太祖努爾哈赤的父、祖在萬歷年間死于明軍誤殺，努爾哈赤也是在萬歷年間起兵反明，建立后金政權，開始了后金（清）與明朝長達數十年的戰爭，加上萬歷帝是一個怠政皇帝，本身形象就不好，所以干脆將萬歷帝排除在外。

當然還有一個重要原因，那就是局勢不同了，清朝剛剛進入北京時，還不知道能不能立足下來，所以打著為明朝復仇旗號的清朝，為了拉攏一切可以拉攏的勢力，對于明十三陵自然是進行整體保護，不敢區別對待，不敢挑三揀四的，都是一視同仁，不會考慮與萬歷帝的歷史舊怨。

現在清廷有了大致穩定的局勢，已經初步在關內站穩腳跟，李自成退出北京以后則是一瀉千里，入關以后的難度比清朝統治集團想象中要低了很多，所以不必再“委曲求全”，也要考慮自身感受，對于拉攏價值整體下降的明朝十三陵中的萬歷帝定陵，自然是有底氣區別對待。

不過事情總是會有轉機，順治七年（1650年）十二月，清朝的實際統治者攝政王多爾袞突然死去，順治八年（1651年），順治帝正式親政，并且在坐穩皇位以后，對于已經死去的多爾袞展開瘋狂清算，或許是為了與多爾袞生前定下的制度置氣，為了否定而否定，又或許剛剛親政，為了顯示自己的寬仁，所以順治帝下令萬歷帝定陵享受其他明十二陵同等的待遇。

不過到了順治十七年（1660年），順治帝“聞明朝陵寢，向所給守護內員人戶地畝數少，以致各陵祭品，備辦不敷，止于大紅門外總祭，殊于朕懷未愜，嗣后除萬歷陵，不行致祭外，每年應春秋二次，太常寺差官致祭。”

簡單來說，順治帝覺得明朝帝陵的祭祀太寒磣，要求提高規格，而且每年春秋兩次祭祀，并且太常寺派官祭祀，然后……順便把萬歷帝定陵的待遇取消掉。

原因應該是當時形勢一片大好，清朝已經基本上統治中國大部，不需要顧及太多，順治帝也不需要以此展示自己的寬仁，而且又對清朝與萬歷帝的舊怨有著成見。

所以一方面提高其他明朝帝陵的待遇，以顯示自己禮待前朝，一方面又取消了萬歷帝定陵的待遇，這樣既大方面顯示了自己對于前明皇帝的尊重，又小方面顯示了自己是有怨報怨有仇報仇，是個恩怨分明的人，使得世人也是無話可說。

當然同樣重要的是，提高前明皇帝待遇意味著要花更多的錢，這時候順便取消萬歷帝定陵的待遇，節省下的成本可以用于這方面，等于是“羊毛出在羊身上”，順治帝還是很會算賬的。

雖然萬歷帝的定陵挺倒霉的，不過事情依舊還是有轉機的，畢竟不同的年代有著不同的歷史背景和不同的政治需求。

在康熙年間隨著統治穩固，并且國力蒸蒸日上，愛面子，并且重視理學和禮制的康熙帝，開始彰顯自己的仁厚，再加上他已經是入關的第二代，太爺爺清太祖努爾哈赤與明朝的恩怨，距離他已經很遠，所以康熙帝多次強調要保護好前明的帝陵，并且再次將萬歷帝定陵的待遇恢復，與其他明十二陵享受同等待遇。

時間到了康熙帝的孫子乾隆帝在位時期，隨著清朝的統治穩固日久，已經不需要再做太多的表面文章，所以在乾隆二十二年（1757年），乾隆帝出于務實需要，將明十三陵的看守太監全部裁撤，不過陵戶制度依舊保留，由陵戶負責耕種土地并看守帝陵。

自此明十三陵都是沒有了看守太監，不過雖然不復往昔，但還是受到清朝官方的保護。

雖然之后乾隆帝為了顯示自己仁厚，下令大規模修繕明十三陵，但又不舍得花大錢，所以為了節約成本，采取拆東墻補西墻的方法，對于部分建筑有所改動，將其拆下的木料優先調配給明十三陵中最重要的明成祖朱棣之長陵，使得永陵、定陵等陵寢的主體建筑規模大為縮水。

以永陵為例，其祾恩殿從面闊七間（約50.65米）縮為五間（約25.91米），但明十三陵大體算是維持住了原樣，并沒有遭到明顯的破壞，一直延續到清朝滅亡。

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