表達關注，中國醫科大學某主任論文被質疑一月余尚未回復

這篇論文來自2021年發表的Progress in Neurobiology期刊，主要由Lin Qin, Chong Qiao, Volney Sheen, Yu Wang, Jie Lu共同完成，一個多月前論文因數據、圖片重復等問題被質疑

論文信息

• 標題：DNMT3L promotes neural differentiation by enhancing STAT1 and STAT3 phosphorylation independent of DNA methylation

• 作者：Lin Qin, Chong Qiao, Volney Sheen, Yu Wang, Jie Lu

• 期刊：Prog Neurobiol

• DOI：10.1016/j.pneurobio.2021.102028

• 發表日期：2021 Jun

質疑內容

我對這一關鍵動物模型的表征和驗證有著嚴重的擔憂。在“材料和方法”部分（4.2.在小鼠中Dnmt 31條件性敲除的產生）中，您描述了產生具有通過CRISPR/Cas9靶向ROSA 26基因座的“CAG-loxP-終止碼-loxP-小鼠Dnmt 31 CDS-polyA”盒的小鼠。然后將這些小鼠與Emx 1-cremice交配以實現皮質特異性Dnmt 31過表達（Dnmt 3l-KI）。手稿指出：“通過qRT-PCR（表S1中的引物）和Western印跡分析證實了Dnmt 3l的RNA和蛋白表達。該小鼠的詳細表型特征將在另一篇論文中發表。“我主要擔心的是，確認Dnmt 3l-KI小鼠中成功生成和特異性過表達的基本驗證數據在目前的手稿中明顯缺失。 對于一項體內結論取決于這種新模型的研究，缺乏這種基礎數據是一個主要的方法學缺陷。具體而言：缺乏介紹：雖然方法陳述進行了確認，但結果部分沒有呈現實際的qRT-PCR和蛋白質印跡數據，其證明與Emx 1-cre對照相比，Dnmt 31-KI小鼠腦中Dnmt 31的據稱“約150倍”mRNA和“1.5倍”蛋白質水平增加（如圖7A、B的文本中所述）。參考的圖（圖7A、B）似乎不包含這些驗證印跡或圖。關鍵遺漏：如果不顯示這些數據，讀者就無法評價：基因工程是否成功，轉基因是否按預期表達。靶腦區域中Dnmt 3l過表達的實際幅度和特異性。解釋所有后續體內表型的基線（圖6、7、S7）。 Dnmt 3l-KI和對照小鼠之間的比較得出的結論完全取決于Dnmt 3l-KI小鼠具有所聲稱的遺傳改變和過表達的前提。關于詳細描述“將在另一篇論文中發表”的聲明對目前的手稿來說是不夠的。最小驗證數據（qRT-PCR和Western印跡確認基因型和過表達）是在本研究中建立模型有效性的基本要求。因此，我恭敬地請求您提供缺失的驗證數據。請提供：顯示Dnmt 3l-KI與Emx 1-cre對照小鼠皮質中Dnmt 3l mRNA水平的qRT-PCR結果（帶統計分析）。代表性的蛋白質印跡圖像和定量證實了Dnmt 3l-KI小鼠腦裂解物中Dnmt 3l蛋白水平的增加。 提供這些數據對于科學界評估論文中提出的體內研究結果的穩健性至關重要。

我已經審查了您在Progress in Neurobiology（2021 Jun;201：102028）上發表的論文中的數字，并確定了有關數據呈現中潛在圖像重復和不一致的幾個問題。我希望你能澄清以下幾點：

關于圖4A和圖3C：藍框內的DNMT 3L和GAPDH印跡圖像在這兩個圖之間似乎是相同的，然而相關的定量數據（紅框）顯示統計學顯著差異（例如，~1200 vs. ~1600）。這引發了關于潛在圖像錯誤標記或數據不匹配的問題。o您能否確認圖4A中的圖像與其相應的定量數據正確配對，圖3C也是如此？如果圖像確實相同，則靶標和上樣對照的條帶強度應相同，從而導致一致的相對定量。如何解釋報告的百分比的顯著差異？是否存在不同的參數設置（例如，背景校正，測量區域）在這兩個圖的密度分析過程中使用了什么？提供原始的、未裁剪的印跡圖像和分析記錄將有助于澄清這一差異。

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   關于補充圖1B、1D和1 E：補充圖1B和圖1D中以及補充圖1B和圖1 E之間的GAPDH上樣對照帶（用綠色框標記的區域）看起來高度相似或相同，但它們表示為代表不同的實驗條件/樣品。你能解釋一下這種重復嗎？

關于圖4和補充圖2C：圖4中的DNMT 3L和補充圖2C中的GAPDH的條帶模式（由綠色框標記的區域）在布局和形態上看起來驚人地相似，但它們表示完全不同的蛋白質。你能解釋一下這種相似性嗎？

上述問題，特別是代表不同實驗或蛋白質的圖像片段的明顯重復，嚴重影響了所呈現數據的解釋和可靠性。我認為，透明地處理這些問題對科學記錄至關重要。

感謝您對這些問題的關注。我期待您的回復。