碾壓AlphaFold3！復旦、上交祭出重磅AI蛋白質模型，性能暴漲六倍！

2026年4月11日，一款叫ViraHInter的雙模態AI模型正式發布。

該模型由上海人工智能實驗室聯合復旦大學、上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院及上海市病毒研究院共同推出，不用開展濕實驗就能預判病毒將如何"劫持"人體蛋白的AI模型。

實測顯示，ViraHInter比現有最強工具AlphaFold3精度高出4.5倍，比其他模型精度高出6倍。

病毒分子很小，新冠病毒只有約30個基因。但它能入侵人體、復制、傳播——靠的是精準"劫持"我們細胞里的蛋白質。這個"劫持"過程，靠的就是病毒蛋白與宿主蛋白的相互作用（Virus-Host PPI）。

給定一個病毒蛋白和一個宿主蛋白，ViraHInter能告訴我們，它們會不會結合。

快速篩出候選靶點，工作時間壓縮到幾周

ViraHInter的核心架構是雙模態深度學習框架，包含兩大核心分支：

1. 結構生成分支負責生成病毒和宿主蛋白質的全原子三維復合物結構，理解病毒與宿主蛋白在空間上如何對接。

2. 序列表示分支處理氨基酸序列，提取序列層面的進化特征——利用蛋白語言模型，識別病毒在快速變異中仍保留的保守模式。

兩個分支協同學習，最后融合成一套跨未見病毒的通用化相互作用規則。

這意味著，即使是一種全新的病毒，只要知道它的蛋白序列，ViraHInter模型就能推斷它可能與哪些宿主蛋白相互作用。

圖：ViraHInter對病毒蛋白與宿主蛋白的相互作用的驗證

研發抗病毒藥物，第一步是找到病毒的命門。ViraHInter能快速篩出候選靶點，把原本需要數年的工作壓縮到幾周。全原子三維復合物結構分子的出現，夸張地說可以直接拿去做藥物研發。

它發現一些跨病毒共用的宿主因子 ——這些是病毒復制的命門。通過攻擊這些病毒復制的命門，一張藥可能搞定多種流感。

當全新病毒出現時（比如當年的新冠），只需知道它的蛋白序列，ViraHInter就能推斷它會攻擊哪些人體蛋白，為防控爭取時間。

對比AlphaFold3有多強

在測試中，ViraHInter的表現超過了當前最強的幾個模型：面對病毒-人類蛋白相互作用時，模型精度高達0.50，比AlphaFold 3高4.5倍，比其他方法高6倍以上。

序列受控拆分那一列，它模擬的是從未見過的新型病毒。這時候AlphaFold3只有0.11，ViraHInter拿到了0.50，差距是4.5倍。AlphaFold3 每預測10對互作，約有3-4對是錯的；ViraHInter把這個錯誤率大幅壓低。

該模型在33種不同病毒上驗證有效，包括新冠病毒、多種流感病毒等。

圖：ViraHinter 識別出了保守存在以及各亞型特有的流感病毒-宿主蛋白互作網絡

ViraHInter分析了多種流感病毒，發現了33個跨亞型共享的宿主因子。這些因子是病毒復制的核心依賴，是廣譜抗病毒藥物的最佳靶點。

病毒變異越來越快，人類應對的工具也在進化。

—The End—