四川
扎爾伯格重金押注的AI蛋白質團隊，拿出了最新成果。
近日，非營利學術機構Biohub發布了全球首個開源蛋白質世界模型，這套系統由蛋白質結構預測、設計和生物發現引擎組成，能幫助研究人員更快地設計出全新的蛋白質結合劑。
模型基于包含68億蛋白質和11億個結構的全球最大蛋白質結構與功能圖譜ESMAtlas搭建，包含了該團隊最新的蛋白質折疊模型ESMFold2，并在實測中戰勝了AlphaFold3。
論文中，研究人員利用該系統對癌癥和免疫學中五個重要靶點（EGFR、PDGFRβ、PD-L1、CTLA-4和CD45）進行了測試，蛋白命中率為36-88%，抗體模式為15-29%。
值得一提的是，該模型堅持完全開源，目前已通過Biohub平臺免費向全球科學界開放。
全球最大蛋白質圖譜 擊敗Alphabfold3
雖然 Biohub是一家相當年輕的企業，但其核心研究團隊卻算得上是AI蛋白質領域的先驅之一。
早在2022 年，還叫 Meta-FAIR的蛋白質小組 推出了轟動一時的ESMFold， 擁有150億參數，速度比AlphaFold2快一個數量級。
而如今，該團隊已經不滿足于單純地升級ESMFold，而是構建了一個完整的模型和資源系統，也就是世界模型。
這個系統里包含了：最先進的蛋白質折疊模型、一種通過探索模型潛在空間設計蛋白質-蛋白質相互作用的設計方案、可用于理解未被表征蛋白的可解釋性工具，以及全球最大的蛋白質結構與功能圖譜。
Biohub副總裁Sal Candido在媒體采訪中表示，這是一張前所未有的蛋白質生物學地圖。
Biohub為這個世界模型系統發布了長達106的論文預印本， 主要圍繞著 ESMC、ESMFold2和ESM Atlas這三大部件 組成。
蛋白質語言模型ESMC是這套系統的基礎，擁有 3億、6 億和60億三個參數規模，對比前一代 ESMC2納入了宏基因組數據，將訓練數據集的規模從約5000萬序列擴展至約28億序列。
ESMFold2則直接挑戰最先進的蛋白質折疊模型這一位置，在實測中速度明顯快于其他折疊模型，且保持了業內領先的準確性。
而ESM Atlas是全球最大的蛋白質結構與功能圖譜，包含68億個蛋白質和11億個預測結構，使得系統能夠在生命尺度上實現蛋白質分析和發現。
總的來看，ESM世界模型在數據量上比AlphaFold數據庫多8億條目，在蛋白質復合物上略勝AlphaFold3，包括抗體-抗原結合。
砸下5億美元 啟動生物版「登月計劃」
Biohub作為一家非營利機構，背靠著Meta CEO扎克伯格與妻子普莉希拉·陳成立的“陳-扎克伯格倡議”（CZI），目標是在本世紀結束之時治愈人類所有疾病。
圖：扎克伯格和妻子普莉希拉·陳
在今年四月，該組織還宣布了一項長達5年、投入5億美元的里程碑計劃——聯手全球頂尖機構，共同打造構建生命預測模型所需的技術和多模態數據集。
在推出蛋白質世界模型之前，該公司最為人所的熟知的成果都集中在虛擬細胞領域，聯合10x Genomics、Ultima Genomics等啟動了“十億細胞項目”（Billion Cells Project）
圖：rib細胞推理模型
還推出了全球首個能推理細胞生物學的人工智能模型rBio虛擬細胞推理模型，有望減少昂貴的生物實驗，極大地加速生物醫學研究和藥物發現。
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