1896年，馬廷賢出生在甘肅河州，字禮堂，他是清末民初西北回族軍閥馬安良的兒子，也是涼州鎮守使馬廷勷的弟弟。早年的他曾就讀于甘肅陸軍小學，后來投身軍旅，歷任西軍營長、鄉統等職，1925年出任西軍第二十七師騎兵第六十九旅旅長。

馬安良一生育有八個兒子，除了老八馬廷瑚過繼給馬遂良為子外，其余的兒子中，只有馬廷勷、馬廷賢兩兄弟最受馬安良鐘愛。

可這份偏愛并沒有換來兄弟和睦，馬廷賢自幼便常和哥哥打架，等到馬廷勷繼任馬安良之職、統轄西軍之后，兩人的矛盾更是日益突出。

河州事變前，馬廷賢為了討好國民軍，也想借機取代馬廷勷，便主動向劉郁芬派往涼州催兵的鄭道儒、徐詠冰報告了青海馬麒聯合馬廷勷抗拒出兵的秘密計劃。

河州第一次解圍后，馬廷賢索性加入了馬仲英的隊伍，他自稱軍長兼第一師師長，把自己私藏的槍支彈藥全部拿出來支持反馮武裝，甚至放火燒了大河家自己的住宅，用這種極端的方式，向世人宣告和馬廷勷的決裂。

之后，他帶人挖出馬廷勷在河州老家的私藏窖銀，全部拿來資助馬仲英的起事隊伍，兄弟間的矛盾，徹底公開化。

馬仲英河州事變失敗后，馬廷賢和涼州事變失敗后退往河州西的馬廷勷一起，帶著隊伍撤往藏區。抵達青海化隆后，兩人再次分開，馬廷賢帶著老婆、子侄與三十七名隨從，經貴德、夏河、黑錯，計劃前往隴南。

隨行隊伍在臨潭西灣庫落地方時，與當地藏民發生沖突，消息很快傳到了卓尼土司楊吉慶耳中，楊立刻派兵截擊，馬廷賢只能只身逃往臨潭舊城。

隨后，他連夜奔到宕昌，鼓動馬仲英對楊吉慶展開報復。馬仲英聽了他的話，率隊攻入卓尼，焚毀了土司衙門和歷史悠久的禪定寺，還沿洮河兩岸燒殺焚掠，讓甘南一帶再度陷入戰火之中。

1929年春天，馬廷賢跟隨馬仲英由夏河退入青海，接連血洗湟源、永昌、民勤，所到之處，地方人民的生命財產遭到了毀滅性的破壞。在民勤期間，經過商議，大家決定推馬廷賢走天津，找馬培清另謀出路，馬廷賢便離開隊伍，獨自北上天津。

抵達天津后，他和馬培清會合，又輾轉回到寧夏，和馬仲英一道第二次進攻銀川，失敗后經由山西退往北京。在京期間，對于哥哥馬廷勷封給他的討逆軍十五路軍第一縱隊司令，他多有不服，一直和馬仲英一道拒絕服從命令。

1929年冬天，馬廷賢和馬培清一道在山西五臺建安村見到了馮玉祥，馮玉祥指示他回后套收集舊部，準備給以師長名義。馬廷賢抵達靈武后，進駐韓進祿的軍部，此時的韓進祿，由于對馬鴻賓的整軍計劃不滿，且感到自己軍長的位置也有可能不保，于是決定另謀出路，兩人一拍即合，帶著隊伍脫離馬鴻賓，在固原和由河州、涼州失敗流竄到此的王占林部匯合。

隨后，他們翻越六盤山進攻靜寧、莊浪，但兩次進攻都沒能成功，于是只能直趨隴南，將目標對準了天水。

攻克天水后，馬廷賢自稱“西北回民聯軍總司令”，成立八大處，以馬延壽為副司令，下轄韓進祿、王占林、馬入倉三軍，共計萬余人，分別駐扎在隴南的禮縣、西和、通渭等十四縣，勢力達到了頂峰。

馬廷賢在天水期間，時局動蕩變化，公開反馮的行動，本就可能影響被馮玉祥扣留在鄭州的馬廷勷的聲明安全，在救馬廷勷無望的情況下，他聯合陳珪璋、魯大昌、黃得貴組成四路討馮聯軍，向蘭州發起進攻。但四路聯軍內部意見不一，行動難以一致，再加上青海馬麒出兵牽制，四路聯軍進攻蘭州最終以失敗告終。

進攻蘭州失敗后，馬廷賢的隊伍開始出現分裂。首先是馬廷賢對于韓進祿在禮縣的所作所為表示異議，并取消了14萬罰款，引起了韓進祿的不滿；接著，韓進祿在人事安排上對馬廷賢頗有怨言，再加上馬鴻賓的從中利用，韓馬反目成仇，韓進祿重新投入馬鴻賓的隊伍。

韓進祿投寧不久，嚴爾艾來到天水，經過馬廷賢多方活動，在嚴爾艾的幫助下，改編馬廷賢的隊伍為隴南綏靖軍，委任馬廷賢為總指揮，馬培清為參謀長，下轄5個騎兵團、1個步兵團，共計5000余人。

勢力的壯大，也引起了周邊陜西、四川軍閥的不安。于是川軍鄧錫侯以“應隴南民眾要求”為名，派部進入隴南；陜軍楊虎城也以援助馬廷賢為名，從東部進入甘肅。在陜軍和川軍的兩面夾擊下，馬廷賢倉促退出天水，由寧夏轉赴天津，部眾多被馬鴻賓收編，馬廷賢的軍事生涯就此結束。

抗戰期間，日寇想利用馬廷賢，給他冠以“西北長官”的名義，馬廷賢一度曾到包頭窺伺各方情況，但他很快意識到漢奸的路并不好走，于是化裝回到天津，改名換姓躲藏起來。

后來，由于日寇的追尋，在天津無法立足，他于1941年回到河州大河家隱居。解放后，由于民憤極大，經過人民政府勞動改造后重新獲得釋放，1958年再度被捕，于次年10月被政府鎮壓。