當年六月十五日，盤踞哈密的武裝摸清清軍立足未穩的實情，主動派出隊伍前往松樹塘挑釁，交戰片刻便佯裝潰敗向后撤逃，刻意引誘清兵出營追擊。

在哈密回城之內，世襲扎薩克郡王伯錫爾自漢城失守之后，始終堅守清廷轄下的立場，困守回城一隅。

當時回城周邊遍布敵方駐軍，城內能夠調動的部曲寥寥無幾，伯錫爾自知僅憑一己之力無力奪回城池，只能暗中收攏身邊親信，一邊打探周邊軍情，一邊耐心等候關外援兵抵達，早早定下待大軍入境便率領本地歸附民眾里應外合、協同攻城的計劃。

同年五月，哈密武裝第三次集結主力圍攻巴里坤，伯錫爾抓住敵軍盡數開拔、后方守備空虛的空檔，挑選精干隨從混入攻城隊伍之中，趁著夜色避開崗哨，將寫明敵軍兵力排布、糧草囤積地點的密信送入巴里坤城內，為守城官兵提供了詳實的前線情報。

等到攻城部隊久攻不下、撤兵退回哈密之后，伯錫爾又指派伯克夏斯林專程前往巴里坤面見守將何琯，當面詳述本地鄉勇已經完成整備、隨時可以起兵策應清軍，還許諾盡數供應過境兵馬所需糧草。

何琯核實情報之后，當即調撥游擊凌祥統領馬隊一千二百人，千總芮林帶領步兵八百名，全軍備足四日軍用口糧，在六月初二日整隊開拔，從巴里坤南下奔赴哈密。

這支援哈清軍行至松樹塘地界時突遇連日大雪，山間道路被積雪封堵，人馬行進遲緩，隨軍攜帶的糧草日漸消耗見底，全軍一度陷入缺糧困境。

伯錫爾早早預判行軍難處，提前從鄉間籌措青稞、牛羊肉，分批次源源不斷送往清軍駐地，充足的物資補給讓領兵官佐徹底打消后顧之憂，堅定了繼續進兵收復哈密的決心。

六月初九日，凌祥所部行抵南山口，探馬回報四千余名敵方騎兵依托南河河道布防列陣，清軍當即整隊沖鋒，憑借馬隊沖擊力擊潰沿河守兵，當場斬殺八十余名敵兵。

次日清軍乘勝沿官道追擊，一路推進至哈密以西二十里處，接連數場野戰盡數取勝，前后斬殺數百人，焚毀敵軍五座野外營盤。

伯克夏斯林此時率領提前集結的本地部眾從哈密城內殺出，里外合兵猛攻哈密回城，清兵以器械鑿塌城墻后涌入街巷，再斬殺數百負隅頑抗的守軍，駐守漢城外圍的敵軍眼見內外受敵、大勢已去，不敢繼續據守，丟下城池四散奔逃，時隔一年有余，哈密滿漢兩座城池在巴里坤援軍與本地郡王勢力配合之下，再度回到清廷管控之中。

城池收復之后，棘手的防務難題接踵而至，哈密原本駐防的各級綠營、旗兵早在先前數次戰亂里傷亡殆盡，整座城池的日常戍守任務只能全權交由從巴里坤遠道而來的援哈兵勇承擔。

清廷隨即下旨，任命領兵有功的凌祥暫代哈密協副將一職，芮林署理都司事務，二人從軍中挑選精干兵丁，分駐哈密各處關隘要點。

此前連年戰火將哈密漢城損毀嚴重，城內官署、民房大半坍塌破損，無法落腳安居，入城的清軍只能暫且駐扎回城，日常所需糧秣、軍械耗材，全部依靠伯錫爾動用王府儲備與本地伯克籌措支應。

當年十月，盤踞烏魯木齊、吐魯番一帶的武裝集結兵力，謀劃大規模向東擴張，消息傳至哈密，伯錫爾敏銳預判敵軍動向，連忙提醒凌祥分兵移駐瞭墩，搶占這處西進東出的咽喉要道。清兵調防的指令還沒有落地執行，數萬敵軍已經分路疾馳而來。

十一月初四，敵方首領馬升、蘇皮蓋率領六七千名騎兵從西直奔五堡，凌祥倉促領兵出城迎擊，伯錫爾也親自帶領數千本地步卒前往助戰。

初六日兩軍初次交鋒，清軍僥幸小勝一場，接連取勝讓軍中兵士滋生輕敵心態，貿然深入追擊，次日行軍至柳樹泉一帶時誤入預設埋伏圈，從安西、敦煌、玉門調來的協防兵馬陷入重圍之后全線潰散，主將凌祥拼力突圍，只身狼狽逃回巴里坤，余下九百多名被困清兵與數倍于己的敵軍晝夜死戰兩晝夜，最終全軍覆沒。

身在回城的伯錫爾聽聞前線慘敗，來不及收攏潰散部眾，親率兩千親兵奔赴頭堡馳援，在頭堡郊野和敵軍主力遭遇，一場血戰過后，伯錫爾麾下七百余名隨從戰死，郡王本人不幸被俘遇害，辛苦收復不足半年的哈密城池，再度落入敵手。

哈密二次失陷帶來的連鎖災禍迅速蔓延至巴里坤，連通關內的糧道被徹底截斷，從內地經由哈密轉運的糧草再也無法送達，到同治六年開春，巴里坤全境陷入大范圍糧荒，城內軍民日日忍饑挨餓，鄉間百姓接連遭受流兵劫掠，沒有余力下地耕種，關內朝廷許諾派出的援軍遙遙無期，數萬被困軍民困守孤城，生計岌岌可危。

同治六年二月十九日，清軍整合全城鎮守兵力，滿營佐領達三帶領旗兵一百五十人，綠營千總芮林、趙萬海統帶六百在編官兵，又從城郊村鎮征募兩千余名青壯鄉民，外加在東山新招募的六百名新兵，三千余名將士盡數集結完畢，從巴里坤啟程向南開拔。

二月二十五日，這支援軍抵達哈密城郊，隨即展開攻城作戰，一戰斬殺數百守敵，剩余殘部放棄主城逃往四五五堡，哈密城池順利收復。

清兵當即分出一千名馬隊，連夜追擊逃竄敗兵，二十八日馬隊行至距離五堡二十里的曠野，迎面遇上兩百余名敵方騎兵，敵軍自知兵力懸殊，迅速退守堡內閉門死守，清兵四面合圍強攻破堡，又殲滅數百守軍。

戰事平定之后，何琯做出細致布防規劃，委派郭鳳賢、張和帶領一千兵勇駐守四五五堡，扼守西面來路；另調孔才所部移駐瞭墩，張和分出一部兵馬駐守沙棗泉，各處營寨互為犄角、彼此照應，剩余大部分兵丁留守哈密城內，駐軍日常口糧依舊依靠伯錫爾舊部一眾伯克就地籌措。清廷收到捷報之后，嘉獎何琯統籌調度之功，為其記功升職，哈密迎來第三次收復。

接連三次戰事消耗大量人力物力，哈密地方元氣難以短時間恢復，守城兵勇大多來自巴里坤，兵員數量有限，周遭流竄的小股隊伍依舊時常四處劫掠，哈密的安全隱患始終沒能徹底根除。

同治七年二月二十一日，三四千名武裝從四五五堡傾巢而出，突襲張和駐守的營盤，守營兩百余名兵勇全數陣亡，營寨陷落。

何琯聞訊立刻派遣趙英杰帶領五百兵馬星夜馳援，二十五日援兵趕至哈密城西，恰巧孔才領兵從另一條路線趕來，兩支隊伍合兵一處夾擊來犯之敵，敵軍抵擋不住，向西邊戈壁敗退。

次日，芮林、趙萬海、孔才各部兵馬匯合整編，再度與折返的敵軍交戰，經過連日鏖戰，成功將來兵再次擊退。