光緒二十一年十月，甘肅河州的城門被慢慢打開，馬永琳、馬如彪等回民起事首領走在人群的最前面，接受馬安良、馬福祿的招撫。

河湟事變爆發一年來，從循化的教爭到河湟的全面戰火，清廷數易主帥，最終調回了熟悉西北情勢的董福祥，才得以將西北局勢穩定下來。

史料記載當時“傾城往觀，歡聲如雷”——城中的漢民與老教民眾因戰亂飽受流離之苦，將起事首領視作禍首，紛紛前來圍觀。

按照清代處置謀逆案的慣例，首惡的直系親屬，成年男子一律處斬，妻女子嗣或沒入官府為奴，或被發遣極邊。馬永琳出身河州花寺門宦世家，家族枝繁葉茂，兄弟子侄、門生故吏遍布河湟。經此一劫，馬家男丁幾乎被屠戮殆盡，女眷與幼童多數被發遣他鄉，四散流離。

后世調查顯示，從光緒二十一年事發到1982年，八十七年間，馬永琳的直系后裔僅存九人。一個曾經在河湟舉足輕重的宗教家族，幾乎被連根拔起，只剩零星血脈隱姓埋名，艱難延續。

河州一地，因這場清算被殺的起事骨干、親族及普通信眾，前后累計超過千人。曾經遍布河州城內外的花寺門宦清真寺，多數被拆毀或改作他用，傳承數百年的教派勢力經此重創，從此一蹶不振。

董福祥清理完河州后，立刻揮師西進，同時給前線將領傳下明確指令：“以辦河州之法辦西寧匪首?！?/p>

為了強化震懾效果，董福祥還下令將部分首級傳示河湟各地，從西寧到循化，從大通到貴德，每一處回民聚居的城鎮都要懸掛示眾。

清廷對普通降眾的處置原則是：“叛回應殲除，良回尤應安輯?！?所謂“良回”，指的是沒有直接參與攻城作戰、愿意繳械歸順的普通民眾。朝廷不打算殺他們，但也絕不會讓他們繼續留在河湟故土。

經過篩選，七千余名青壯年及其家屬被劃為“安輯”對象，統一遷往新疆羅布淖爾地區屯墾戍邊。

光緒二十二年秋，第一批降眾在官兵的押解下踏上了西遷之路。從河湟谷地到羅布淖爾，全程兩千余里，沿途要翻越祁連山，穿過戈壁灘，缺水少糧，風餐露宿。隊伍里有老人、婦女和孩子，很多人扛不住長途跋涉，倒在了半路上，真正完整抵達安置點的人，不足出發時的半數。

最初的安置點設在羅布淖爾的英格可立，這里靠近孔雀河，看似有水源，實則土地鹽堿化嚴重，氣候極端干旱。河湟來的民眾世代擅長精耕細作，面對戈壁灘上的鹽堿地處處不適，種下的糧食產量極低，遇上雨水稍多的年份又會澇災，顆粒無收是常有的事。加上官府管束嚴苛，屯戶不得隨意離開屯區，衣食住行都受屯官節制，名義上是“良回安輯”，實則與流放無異。

光緒二十九年，焉耆知府劉嘉德實地勘察后，上書朝廷將剩余的屯民整體遷移到開都河南岸的馬場臺。這里土地肥沃、水源充足，是南疆少有的宜農之地，安置點正式定名“撫回莊”。歷經磨難的河湟民眾，這才終于在南疆落下腳來，世代耕種繁衍，成為今天焉耆一帶回族人口的重要來源。

比起能被官府“看中”、送去屯墾的青壯年，數量更多的老弱婦孺，連被流放的資格都沒有。據事后統計，起義平定后，河湟各地失去男丁的婦女、年邁的老人、年幼的孩子，總數約有數萬之多。他們沒有勞動能力，既不能上陣打仗，也不能下地屯墾，在官府眼里成了毫無價值的負擔。

清廷的善后方案里，對這部分人只有一句輕飄飄的記載：“婦孺老弱就撫為氓，分散四方，隨地謀食者，約有數萬計，并未再做安置?！?也就是說，官府既不殺他們，也不管他們，只是將他們趕出被毀的村莊，任由其自生自滅。

沒有官府的接濟，沒有戶籍身份，他們成了晚清西北大地上一群隱形的流民。為了活下去，有的婦女改嫁當地人家，有的孩子被賣給富戶做奴婢，還有不少人加入了走西口的流民隊伍，去往內蒙、寧夏謀生。直到很多年之后，他們中的一部分人才慢慢在各地定居下來，再也沒有回過河湟的故鄉。

這場持續近兩年的河湟事變，最終以清軍的全面勝利告終。清廷下旨嘉獎董福祥及有功將士，馬安良、馬福祿、馬福祥等回族將領更是憑借助剿之功，一躍成為西北政壇的新興力量。