近日，耿同學(xué)又質(zhì)疑北中醫(yī)前校長(zhǎng)、現(xiàn)中山大學(xué)香港高等研究院院長(zhǎng)徐某某的論文數(shù)據(jù)存在問(wèn)題。

論文被質(zhì)疑以后作為通訊的作者的徐某某在Pubpeer 進(jìn)行了回復(fù)與解釋?zhuān)瑢?shù)據(jù)存在異常的問(wèn)題歸結(jié)于從Prism文件轉(zhuǎn)移到Excel電子表格 的過(guò)程中可能發(fā)生了錯(cuò)誤，但質(zhì)疑者并不滿意這個(gè)回復(fù)。

徐某某能夠親自回復(fù)說(shuō)明兩點(diǎn)問(wèn)題：第一他對(duì)論文被質(zhì)疑的事情是知道的，第二，也檢查了論文的數(shù)據(jù)問(wèn)題，并做出了一些解釋。

這倒是一個(gè)進(jìn)步，因?yàn)閷?duì)論文的質(zhì)疑相當(dāng)于學(xué)術(shù)的探討，能夠正面回復(fù)說(shuō)明還是有進(jìn)步的，至少體現(xiàn)了Pubpeer這個(gè)平臺(tái)的作用。

當(dāng)然了，是否存在學(xué)術(shù)不端問(wèn)題，還得經(jīng)過(guò)調(diào)查，查看原始數(shù)據(jù)等。不過(guò)，這事情又發(fā)生在中山大學(xué)，而之前已經(jīng)有帽子人才康某某、鄺某某被處理的先例，說(shuō)明在那里學(xué)術(shù)不端不是孤例，感覺(jué)這篇論文也有點(diǎn)懸？

涉事論文為“Mitochondria-localised ZNFX1 functions as a dsRNA sensor to initiate antiviral responses through MAVS，Nature Cell Biology (2019) doi: 10.1038/s41556-019-0416-0，Yao Wang , Shaochun Yuan , Xin Jia , Yong Ge , Tao Ling , Meng Nie , Xihong Lan , Shangwu Chen , Anlong Xu。

該論文有三個(gè)共同第一作者，王某（博士后），元某某（教授）、賈某（副研究員）以及通訊作者徐某某。

論文的單位中山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院的生物防治國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 與廣東省藥用功能基因重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，和之前被通報(bào)處理的中山大學(xué)鄺某某是一個(gè)單位。

徐某某1963年出生，曾擔(dān)任中山大學(xué)副校長(zhǎng)，北京中醫(yī)藥大學(xué)校長(zhǎng)，帽子人才，現(xiàn)任中山大學(xué)香港高等研究院院長(zhǎng)。

這篇論文在Pubpeer上有質(zhì)疑的記錄，論文的通訊作者徐某某也在Pubpeer對(duì)質(zhì)疑進(jìn)行了回復(fù)。具體的質(zhì)疑與回復(fù)內(nèi)容如下：

擴(kuò)展數(shù)據(jù)圖1b和1c之間的源數(shù)據(jù)存在顯著異常。所有66個(gè)小數(shù)位數(shù)值在三個(gè)生物學(xué)重復(fù)中完全相同，盡管這些數(shù)據(jù)集來(lái)自完全獨(dú)立的實(shí)驗(yàn)。在相同顏色的矩形內(nèi)，擴(kuò)展數(shù)據(jù)圖1b和圖1c中同一行數(shù)據(jù)的后兩位小數(shù)完全相同。

在圖7b的源數(shù)據(jù)中，可以觀察到多個(gè)異常模式，這些模式存在于不同的處理?xiàng)l件和實(shí)驗(yàn)條件下。

值得注意的是，在IFNB1 Mda5 -/- 條件下，重復(fù)1的數(shù)值與IFIT1 Mda5 -/- 條件下重復(fù)1的數(shù)值在加上100后完全匹配（以黃色背景高亮顯示）。

此外，IFNB1 Mda5 -/- 條件下重復(fù)2的單位和小數(shù)位數(shù)與IFIT1 Mda5 -/- 條件下重復(fù)2的單位和小數(shù)位數(shù)完全相同（以藍(lán)色背景高亮顯示，例如117.0412771和167.0412771這兩個(gè)數(shù)值具有相同的0.0412771的小數(shù)部分）。在IFNB1和IFIT1的WT和Rig-i -/- 條件下，某些數(shù)值也觀察到了類(lèi)似的模式（也以藍(lán)色高亮顯示）。

此外，IFNB1 Mda5 -/- 條件下重復(fù)3的單位與IFIT1 Mda5 -/- 條件下重復(fù)3的單位相同（以綠色背景高亮顯示）。其小數(shù)部分也高度相似（例如130.2638262和180.2638226共享序列2638262，僅略微重排）。

論文被質(zhì)疑以后，通訊作者徐某某直接在Pubpeer進(jìn)行了回復(fù)，內(nèi)容如下：

作為通訊作者，我想在此澄清整體背景。收到這些評(píng)論后，我們重新檢查了相關(guān)的源數(shù)據(jù)表格及相應(yīng)的統(tǒng)計(jì)比較。基于此重新檢查，我們想作出以下幾點(diǎn)說(shuō)明。

首先，在稿件被原則性接收后，我們被要求在相對(duì)較短的時(shí)間內(nèi)準(zhǔn)備并上傳補(bǔ)充材料和源數(shù)據(jù)文件。這一最終文件準(zhǔn)備階段需要將大量定量數(shù)值整理到提交的Excel源數(shù)據(jù)表格中。

其次，在此過(guò)程中，多個(gè)定量條目是從Prism文件中手動(dòng)轉(zhuǎn)錄和整合到所提交的Excel文件中的。經(jīng)過(guò)重新檢查，所高亮顯示的模式似乎反映了在數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)移、復(fù)制粘貼處理及最終源數(shù)據(jù)整合過(guò)程中無(wú)意間引入的表格錄入問(wèn)題。我們本應(yīng)在檢查最終提交文件時(shí)更加謹(jǐn)慎，并對(duì)這些條目造成的混淆表示歉意。

第三，在審查了受影響的條目后，我們確認(rèn)用于已發(fā)表柱狀圖及相應(yīng)統(tǒng)計(jì)分析中的定量數(shù)值與論文中展示的結(jié)果保持一致。我們相信我們的數(shù)據(jù)是可重復(fù)的，結(jié)論是可靠的。
為了更具體地回應(yīng)這兩條評(píng)論，第一作者提供了以下解釋。

對(duì)評(píng)論：擴(kuò)展數(shù)據(jù)圖1b和1c / 流式細(xì)胞術(shù)siRNA篩選
我感謝評(píng)論者對(duì)擴(kuò)展數(shù)據(jù)圖1b和1c的源數(shù)據(jù)進(jìn)行仔細(xì)檢查，并給我們機(jī)會(huì)澄清這些數(shù)據(jù)的整理過(guò)程。擴(kuò)展數(shù)據(jù)圖1b和1c來(lái)源于一項(xiàng)基于siRNA的流式細(xì)胞術(shù)篩選，旨在識(shí)別用于后續(xù)研究的候選基因。篩選的基因包括VSV感染后上調(diào)超過(guò)3倍的基因，如FFAR2、ZEB2、TIPARP、PTGS2、CMPK2、ZNFX1和CSRNP1，以及RNA解旋酶超家族1基因，包括DNA2、HELZ、IBP160、IGHMBP2、MOV10、HELZ2、SEXT、UPF1、ZNFX1、HELB、PIF1、LBA1和HFBH1。在準(zhǔn)備最終源數(shù)據(jù)文件時(shí)，定量值從Prism文件轉(zhuǎn)移到了提交的Excel文件中。在此過(guò)程中，一些條目在復(fù)制粘貼處理和表格整合過(guò)程中無(wú)意中受到了影響。

總體而言，從該候選基因庫(kù)中選擇目標(biāo)基因進(jìn)行后續(xù)功能和機(jī)制研究，保留了其科學(xué)價(jià)值和意義。我們對(duì)這些表格錄入問(wèn)題未能在出版過(guò)程中被發(fā)現(xiàn)表示遺憾，并感謝有機(jī)會(huì)澄清這一點(diǎn)。

對(duì)評(píng)論：圖7b / qPCR檢測(cè)IFNB1和IFIT1表達(dá)
我也感謝評(píng)論者指出圖7b的源數(shù)據(jù)中數(shù)值的相似性，并促使我們重新檢查該源數(shù)據(jù)表格。圖7b報(bào)告了在WT、Rig-i?/?、Mda5?/?和Mavs?/?細(xì)胞中Ifnb1和Ifit1表達(dá)的qPCR檢測(cè)結(jié)果。在準(zhǔn)備最終源數(shù)據(jù)文件時(shí)，定量qPCR值從Prism文件轉(zhuǎn)移到了提交的Excel文件中。在此過(guò)程中，一些條目在復(fù)制粘貼處理和源數(shù)據(jù)整合過(guò)程中無(wú)意中受到了影響。
該圖應(yīng)與圖7中的其他實(shí)驗(yàn)結(jié)合解讀，包括圖7a中的過(guò)表達(dá)實(shí)驗(yàn)、圖7c中的病毒RNA載量分析、圖7d,e中的VSV復(fù)制實(shí)驗(yàn)，以及圖7f中的RNA測(cè)序數(shù)據(jù)。這些獨(dú)立的實(shí)驗(yàn)共同支持了論文中所呈現(xiàn)的生物學(xué)解釋。我們對(duì)這些源數(shù)據(jù)表格錄入問(wèn)題造成的混淆表示歉意，并感謝評(píng)論者對(duì)已發(fā)表數(shù)據(jù)的仔細(xì)閱讀。

當(dāng)然，通訊作者徐某某回復(fù)以后質(zhì)疑者對(duì)回復(fù)并不感到滿意，見(jiàn)下面的截圖。

質(zhì)疑者認(rèn)為作者將這些模式歸因于“復(fù)制粘貼處理和源數(shù)據(jù)整合”。然而，作者并未提供原始的Prism文件、更正后的源數(shù)據(jù)文件、審計(jì)跟蹤記錄，以及數(shù)據(jù)整合過(guò)程的詳細(xì)重建說(shuō)明。因此，讀者無(wú)法評(píng)估所觀察到的異常情況是否符合簡(jiǎn)單的筆誤，還是反映了數(shù)據(jù)來(lái)源方面更根本的問(wèn)題。