目前史學界流行一個說法“明亡于萬歷”，海外歷史學家黃仁宇專門寫了本《萬歷十五年》，斷定萬歷十五年(1587)為明亡之始。實際上這個觀點來源于《明史》，“故論者謂明之亡，實亡于神宗，豈不諒歟。”后來著名學者趙翼在其《廿二史札記》援引其說，廣為流傳。

康熙朝初修《明史》時，官方亦主張明亡于天啟，可是由于后來還是改成了亡于萬歷。康熙說：“萬歷以群臣敦請，乃立泰昌。萬歷之終，亦不甚明。泰昌之立不過三月，足見天之施報不爽。且萬歷之時，四方構釁，朝廷多事明代之衰，實由于此。（《清三朝史案》）

萬歷皇帝執政48年，立太子之事與內閣爭執長達十余年，近三十年不出宮門、不理朝政、不郊、不廟、不朝、不見、不批、不講，也算是個奇葩皇帝。萬歷被大臣批評酒財氣色，和文官賭氣怠工，但是萬歷的功績并不比康熙差，萬歷時代是明朝中期的最好時代，史稱“萬歷中興”。前期張居正改革國家收入大增，“萬歷三大征”平定天下，尤其是幫助朝鮮擊敗日本侵略者，消滅倭寇覬覦華夏的狼子野心，把日本打到“300年片板不敢下海”的程度。看看康熙大帝，打了勝仗還要向沙俄讓步簽訂《尼布楚條約》，送給沙俄多少土地。

“明亡于萬歷”，是《明史》對萬歷的抹黑，也是康熙對明朝的抹黑。康熙為什么堅持明亡于萬歷呢？

多爾袞曾經說：“國家之撫定燕都，乃得之于闖賊，非取之于明朝”。清軍入關打得是為崇禎報仇的旗號，甚至為崇禎發喪，來還博得吊民伐罪的美名。清朝認為，取代明朝是定數是天命。康熙元年(1662)諭禮部曰： “我國家誕膺天命撫御衰區，實由太祖皇帝神功圣德，肇造王基。太宗皇帝偉烈顯謹，恢弘大業。暨世祖章皇帝克紹鴻緒，奄有多方。”

《明史》編纂的基本原則，一是為了籠絡明朝遺民，二是為了塑造清朝的正統性。在編纂《明史》的過程中，康熙曾多次提出所修之書關系甚大，須“使后人心服乃佳”，認為史書尤其是前代史書的編纂，須使天下人心悅誠服。

為大清王朝爭正統，這是康熙的首要任務。康熙必須通過撰修《明史》，證明天命所歸在清，明朝之亡始于萬歷，“自古得天下之正莫如我朝。太祖、太宗初無取天下之心，嘗兵及京城，諸大臣咸云當取，太宗皇帝曰：明與我朝素非和好，今欲取之甚易，但念系中國之主，不忍取也。后流賊李自成攻破京城，崇禎自縊，臣民相率來迎，乃剪滅闖寇入承大統，稽查典禮，安葬崇禎”，“我朝承襲先烈，應天順人，撫有區宇”。

萬歷四十六年（1618年）4月，努爾哈赤在赫圖阿拉頒布“七大恨”，宣布起兵反抗大明王朝。《明史》必須說明朝亡于萬歷，這是政治原則問題，要不然無法解釋努爾哈赤作為大明萬歷的臣子為何要造反呢？

明朝滅亡以后，明朝的士大夫遺民不但沒有痛罵萬歷，反而更加懷念萬歷歌頌萬歷。

投降清朝的錢謙益更是“升平中夜想神宗”,對萬歷朝緬懷不已，”國家休明昌大之運，自世廟以迄神廟，比及百年，可謂極盛矣“。（《牧齋初學集》）

顧炎武稱：”昔在神宗之世，一人無為，四海少事“；吳偉業謂：”余嘗惟國家當神宗皇帝時，天下平治。“

談遷《國榷》：今吏民嗷嗷，追念寬政，謳吟思慕，雖改代詎一日忘之哉？

丁耀亢《古井臼歌》：神宗在位多豐歲，斗粟文錢物不貴。門少催科人晝眠，四十八載人如醉。

吳嘉紀《吳嘉紀詩箋校》：杯深顏熱城市遠，卻展空囊碧水前；酒人一見皆垂淚，乃是先朝萬歷錢！

萬歷雖然不上朝，依舊大權在握，掌握朝政，既沒有出現嚴嵩式的權臣，也沒有魏忠賢那樣的宦官，思想自由言論自由，涌現出大量的科學家文學家思想家；工商業發達市民社會發展，”眼見當初萬歷間，陳花富戶積如山“。

《明史》一邊說“明亡于萬歷”，另一方面又不得不承認萬歷時代“中外又安，海內殷阜”。

明朝遺民為什么懷念萬歷呢？沒有對比就沒有傷害，經歷過萬歷朝的明朝士大夫們，看看今天康熙朝的貧困，自然感慨萬千。

明末清初思想家唐甄這樣描述康熙四十年的盛世：

清興五十余年矣。四海之內，日益貧困：農空、工空、市空、仕空。谷賤而艱于食，布帛賤而艱于衣，舟轉市集而貨折貲，居官者去官而無以為家，是四空也。金錢，所以通有無也。中產之家，嘗旬月不觀一金，不見緡錢，無以通之。故農民凍餒，百貨皆死，豐年如兇，良賈無籌。行于都市，列肆琨耀，冠服華腆，入其家室，朝則熄無煙，寒則蜷體不申。吳中之民，多鬻男女于遠方，男之美為優，惡者為奴。女之美為妾，惡者為婢，遍滿海內矣。

魯迅先生懷疑，康乾盛世完全是文字獄吹出來的。

明末西方傳教士驚嘆明朝的富裕繁華，聲稱“大明人“是“衣飾華美，風度翩翩“。讀讀意大利人的《利瑪竇中國札記》還有西班牙人門多薩撰寫的《中華大帝國史》，就明白萬歷時代為什么讓這些西方人羨慕了。

所謂的康乾盛世，英國特使馬戛爾尼看到的卻是：“遍地都是驚人的貧困“,“人們衣衫襤褸甚至裸體“,象叫花子一樣破破爛爛的軍隊“，“我們扔掉的垃圾都被人搶著吃”。

萬歷應該是被《明史》黑得最厲害的了，明朝滅亡的黑鍋都讓萬歷給背了。明朝的大臣可以痛罵萬歷，還沒有性命之憂。清朝的大臣誰敢罵皇帝？莊廷鑨編寫《明史》被被掘墓刨棺，梟首碎骨，所有列名參校、刻印買賣者均因此獲罪 ，重辟70余人，凌遲18人。清朝的士大夫只好“避席畏聞文字獄 著書都為稻粱謀”。