撰文丨王聰

編輯丨王多魚

排版丨水成文

2020 年 11 月底，谷歌旗下公司DeepMind推出了AlphaFold2，這是一款用于預測蛋白質三維結構的 AI 模型，一舉解決了長達 50 年的蛋白質折疊難題，其能夠僅根據蛋白質的氨基酸序列就精準預測出蛋白質的三維結構。AlphaFold2 一經推出，迅速火遍世界，不僅得到了全世界科學家的廣泛使用，更為它的開發者John Jumper和Demis Hassabis贏得了獲得了 2024 年諾貝爾化學獎。

2021 年，DeepMind 拆分創立了一家名為 Isomorphic Labs 的 AI 藥物研發公司，由Demis Hassabis出任 CEO，該公司有著一個宏大的目標——利用 AI 變革藥物發現，解決所有疾病。

一年前，Isomorphic Labs在首次外部融資中募集了 6 億美元，2026 年 5 月 12 日，該公司宣布完成21 億美元的 B 輪融資，創下了 AI 制藥領域單輪融資規模新紀錄。此輪融資由 Thrive Capital 領投，現有投資者 Alphabet 和 GV 以及新投資者 MGX、淡馬錫、CapitalG 和英國主權人工智能基金跟投。

Isomorphic Labs在聲明中表示， 這筆資金將用于 Isomorphic Labs 的 AI 藥物設計引擎IsoDDE的持續開發和部署，加快并擴大其臨床前治療項目的研發進程。此外，這筆資金將通過在全球各站點整合世界一流的 AI、工程、藥物設計和臨床人才，來支持公司現有的招聘目標，以幫助實現公司的長期愿景——利用 AI 驅動的突破來應對最復雜的生物和醫療挑戰，并解決全球疾病負擔問題。

Demis Hassabis

Isomorphic Labs創始人兼 CEO，諾獎得主Demis Hassabis表示，此輪融資是眾多頂級國際投資者對我們以 AI 為先的藥物設計與開發方法投下的巨大信任票。既然我們已經證明了我們的方法從根本上是可靠的，那么接下來的重點就是將這些技術擴展到其全部潛力。這筆資金的注入將使我們能夠大規模構建藥物設計引擎，推動我們朝著解決所有疾病的目標前進。

2021 年 7 月，DeepMind在Nature期刊發表論文，公布了AlphaFold2的開源代碼，并發表了完整方法論，詳盡細致說明了 AlphaFold2 是如何做到精確預測蛋白質三維結構的。

2024 年 5 月，DeepMind在Nature期刊發表論文，推出了 AlphaFold2 的全面升級版——AlphaFold3。與 AlphaFold2 相比，AlphaFold3最大的進步在于——不僅能預測單個蛋白質的結構，還能預測蛋白質與幾乎任何生命分子（包括配體、蛋白質、DNA 和 RNA）的相互作用。

2024 年 11 月，DeepMind 宣布AlphaFold3開源，允許研究人員下載其底層代碼并將其應用于非商業領域。

2026 年 2 月，Isomorphic Labs推出了 AI藥物設計引擎——IsoDDE（Isomorphic Labs Drug Design Engine），并進一步展示了其強大且廣泛的功能中的一部分。

Isomorphic Labs 表示，IsoDDE 開啟了理解生物分子世界的新范式，實現了前所未有的預測準確性（在預測準確性方面超越了 AlphaFold3，并引入了新功能），彌合了結構預測與現實世界藥物發現之間的差鴻溝，從而能夠在計算機上以極高的精度和理解力理性設計新藥。外界也將IsoDDE 理解為AlphaFold4，只是不再開源。

蛋白質-配體結構預測準確性

抗體-抗原結構預測準確性

結合親和力預測性能

僅提供 cereblon 蛋白的序列，IsoDDE 就能預測出了已知和新發現的隱匿位點，而無需指定配體