康熙六年，索尼病重前，康熙提拔索額圖為一等侍衛，讓他貼身保護。索尼死后，索額圖繼續在宮里混，康熙七年升吏部右侍郎，管官員任命。康熙八年，他主動請辭侍郎職，留在康熙身邊當侍衛，這步棋走得精明，正好趕上康熙要收拾鰲拜。

那年五月，康熙用布庫戲的名義把鰲拜騙進宮，索額圖帶頭動手抓人，幫康熙除掉這個大禍害。事后，康熙賞他大學士銜，兼佐領，讓他管史書編修。鰲拜倒臺后，索額圖幫著清查余黨，提拔新人，穩固康熙的權力。

康熙九年，索額圖改任保和殿大學士，兼戶部尚書，管錢糧。康熙十一年，康熙實錄修成，他加太子太傅銜。康熙十二年，吳三桂他們在南方反了，索額圖留在京城幫著協調后勤，調兵遣將。

平三藩打了八年，索額圖負責糧草供應，康熙十六年，他還持節冊封鈕祜祿氏為皇后。康熙十七年，他去祭孔子，康熙十八年，北京地震，有人彈劾他貪污，但他沒事兒，繼續干。

康熙十九年，康熙賜他御書，表彰勤勞。康熙二十年，他以病請辭大學士，改內大臣、議政大臣，管大事。

康熙二十一年，有人舉報他和明珠貪污，康熙沒深究。康熙二十二年，他的弟弟心裕和法保驕縱，被康熙罰了，索額圖連帶丟了幾個職，只剩佐領，在家閑了幾年。康熙二十五年，康熙又用他，授領侍衛內大臣，管禁衛。

康熙二十七年，俄國人來議界，索額圖帶兵去色棱額，防著俄國人。康熙二十八年，明珠倒臺，索額圖接班，權勢大盛。那年他去尼布楚談判，跟俄國人簽條約，收回外興安嶺以南的地盤，這是清朝對外一大勝仗。

康熙二十九年，準噶爾噶爾丹入侵，索額圖參贊軍務，幫著打烏蘭布通戰役，費揚古他們在前線，他在北京督辦，噶爾丹敗走。仗打完，康熙罰他降級，但留任。

康熙三十五年，他管馬匹和火炮事務，康熙三十六年，防噶爾丹，康熙三十七年，陪太后去盛京謁陵。康熙三十八年，他繼續管內務，到康熙三十九年，康熙南巡，他留在京城輔佐太子監國。這時候，他的麻煩就開始了。

索額圖被康熙帝所忌憚，主要源于他與太子胤礽的關系。康熙帝的皇后赫舍里氏乃索額圖的侄女，太子胤礽為赫舍里氏所出，康熙帝在胤礽兩歲時便立其為太子。索額圖作為太子的外叔公，出于維護家族富貴的考量，自然堅定地站在太子一方。

他在東宮安插親信，積極拉攏朝中官員，逐漸形成了以自己為首的“索黨”。康熙三十九年，康熙帝南巡，太子胤礽奉命監國。在此期間，索額圖蠱惑太子直接發布旨意調遣軍隊，甚至截留朝中奏折，不向康熙帝呈報。此舉讓康熙帝認為索額圖妄圖架空自己，助力太子提前掌控朝政大權。

在康熙帝眼中，索額圖之罪甚于鰲拜與吳三桂。鰲拜恃強凌弱，欺凌年少的皇帝，康熙帝將其終身囚禁，并未對其家族施以滅族之刑。吳三桂舉兵反叛長達八年之久，康熙帝雖平定其亂并使其家族覆滅，但亦未斬盡殺絕。

然而，索額圖則不同。他公然觸碰皇位傳承這一至關重要的底線，教唆太子養成驕縱之性，結黨營私以謀取私利，此等行徑在康熙帝看來，猶如從心頭剜肉般令人痛心疾首。

康熙四十一年，太子于德州染病，康熙帝召索額圖前往侍奉太子。二人私下密議，令康熙帝對索額圖的疑心更甚。至康熙四十二年五月，康熙帝下旨對索額圖展開審查，斥責他不知悔改，結黨營私干預國事，隨后將其囚禁于宗人府，以鐵鏈鎖身，斷絕飲食供應。四個月后，索額圖終因饑餓而亡。

索額圖死后，康熙處死他兩個兒子阿拉布坦和葛爾弼，其余男丁發配寧古塔為奴，財產抄沒。康熙四十七年廢太子時，詔書里罵索額圖教唆太子潛謀大事，說他是本朝第一罪人，導致諸皇子爭位。康熙五十一年第二次廢太子。

康熙五十二年，康熙帝仍提及太子的驕縱之態始于索額圖。至康熙五十七年，康熙帝再次強調索額圖引領太子生亂。索額圖所涉之事，成為康熙晚年“九子奪嫡”亂局的肇始，這一混亂局面直至雍正帝登基方才終結。

索額圖從功臣淪為罪人，究其根本，是他未能領悟皇家“家天下”的內在邏輯。他妄圖兩全其美，既效忠于皇帝，又保全家族利益，故而押注太子能夠繼承大統，最終卻輸得一敗涂地。康熙帝以索額圖家族之事作為警示，向滿朝文武昭告，皇位繼承之事不容任何人染指。

從歷史角度審視，索額圖確有功勞，他曾助力康熙帝穩固江山社稷、安定邊疆，但他的野心亦是不容置疑的。他深陷儲位之爭，觸碰到了康熙帝的底線。康熙帝對他施以嚴懲，并非毫無道理，皇權至高無上，向來容不得絲毫的威脅。