1949年6月5日，南下干部大隊與臺屬工委在天臺召開大會，宣布中共浙江省委決定和各縣區領導班子名單。根據省委決定，建立海門直屬區，任命陳振中為中共海門區工委書記，梅法烈兼海門區區長。

1949年6月9日，浙南游擊縱隊三支隊一大隊分三路進攻海門，駐海門的國民黨水警大隊逃跑下海，人民政府尚未建立，海門成為真空地帶。椒南工委利用舊政府人員和開明士紳維護社會性秩序。

6月9日后，舊政權多數人員逃走，前國民黨區長孔慶榮仍留區署維持。他欣然接受椒南工委要他出面工作的要求，與潘夢麟一起，聯絡開明士紳商會會長王仲光、工商界人士趙連城、周雁飛以及地下黨員孫仲琦、李伯康等各界人士20多人，成立了“應變會”，暫時維持社會性秩序。

6月中旬，椒南工委工作人員組織考察與吸收知識青年參加工作。臺州中學一批學生及海門各小學中的一些進步男女教師，從海門來到黃巖縣城，由椒南工委組織學習，通過審查吸收進工作隊伍。

臺州地委組織部長王槐秋也率領黃巖、溫嶺、仙居三個縣的南下干部，抵達黃巖，向在黃巖城內的干部傳達了省委、省政府的決定，即按原行政區域成立縣委、縣政府和區、鄉政府。

6月25 日，中國人民解放軍21軍62師184團從前所渡過椒江，海門解放。

椒南工委的部分人員20多人與南下干部18人一起由工委書記陳振忠帶領，于海門解放當天就進入海門接管偽政府及機關等單位。不久在海門成立了臺州專署海門直屬區工委。

還接受了浙江省漁業管理處，農工日報、工商日報、臺州民國新聞三家報社，國民黨、三青團機關報，國民黨區黨部（空房18間，單短槍三支），三青團分團部，偽水警局局部，臺州中學，海關 （公寓房一幢），十一傷兵醫院，稅務局及鹽倉等。

對舊政權的全面接管，意味著新政權即將誕生。

1949年5月中旬，浙江省政府按原行政區域建立縣、區政權、刻制鈐記，其時海門尚未解放。6月初，省、地領導決定，華東局批復，海門為專署的直屬區，并在干部配備、管理上都按直屬區對待。

1949年6月25日，海門解放。根據中共浙江省第六（臺州）地委的決定，建立海門直屬區人民政府，受臺州專員公署領導，下轄海門鎮、葭沚鄉、三山鄉、山東鄉，區政府開始啟印視事。由于新印章沒有刻制好，仍借用“臨?？h人民政府海門區公所鈐記”印章。

7月，任命徐德為海門區代區長。9月椒江北岸的涌泉、玉硯、章安、前岸四個鄉劃歸海門直屬區管轄（1950年3月，接臺州專署指示將椒北四鄉劃歸臨?？h）。

解放初，海門區鄉行政區劃基本沿襲舊制，區委以海門鎮為主體，安定與建立革命秩序，利用舊保甲人員聽訓，每日三次至一次，召開各界座談會，大會小會說明形勢發展、約法八章、人民政府態度，建立碼頭工人組織，解決漁民三個月停頓生產問題，開放港口，以葭沚鄉為基點組織區工作隊下鄉，開展農村工作。

各鄉鎮依工作條件相繼成立鄉鎮政府。1949年7月，設立海門鎮、葭沚鄉人民政府；9月設立三山鄉、山東鄉、章安鄉、玉硯鄉、前岸鄉人民政府；10月，設立涌泉鄉人民政府。八個鄉鎮的正副鄉鎮長由區委、區政府任命。

中華人民共和國的政權組織形式，是實行民主集中制的人民代表大會，但在建國初期，由于各方面條件還不成熟，不可能在短時期限內召開普選出的人民代表大會，為此創造了各界人民代表大會議這一過渡形式。

1949年12月，中央人民政府發布省、市、縣各界人民代表會議組織通則，規定凡具備條件的地方應抓緊召開各界人民代表大會議，并促使其逐步代行人民代表大會職權，選舉產生各該級人民政府。

1951年1月15日至19日，海門直屬區第一次各界人民代表大會議召開，出席會議代表121人，區長程精業作工作報告。審議通過《徹底粉碎美帝細菌戰繼續深入抗美援朝》《進一步做好治安加強海防》《籌募小學民辦經費》《市政建設》等4項決議。選舉產生常務主席1人、副主席2人、委員16人。

各界人民代表大會議設常務委員會，至1953年4月共召開了6次會議，選舉產生了6任常務委員會。1954年7月，遵照《中華人民共和國憲法（草案）》的規定，改為人民代表大會制度。

1954年7月12日至15日，海門直屬區人民代表大會第一次會議召開，出席會議代表67人。會議議程為政治報告、政府工作報告、憲法草案報告以及決定今后任務和選舉出席省人民代表大會代表。

直屬區人民代表大會成為全區最高的權力機關，大會的召開標志著全區政權建設的完善。

各級人民政府成立之后，積極發動與組織群眾、維護社會秩序、剿匪反霸、恢復與發展生產，從政治上、軍事上、經濟上保衛勝利果實，鞏固人民政權。

海門解放，各級人民政權建立，正面的敵人消滅了，隱藏的敵人蠢蠢欲動，山匪海匪互相勾結，伺機反撲，形勢仍十分嚴峻。

地方政府主動負責了解敵情、摸清土匪活動的規律，通過關系戶和比較靠近政府的中上層人士，以及遭受匪特殘害或威脅的人來了解掌握基本情況，排出可疑人員名單、土匪出沒地點、具體人數及武器、活動規律等，與駐地人民解放軍配合肅匪反特。

1949年7月，首次出動部隊對北山一帶土匪進行圍剿，捕獲2人。8月24日，集中184團在城區的人員分成84組，對全城實行大檢查，共收押嫌疑分子500多人，次日經甄別審查，拘留87人。

在這一行動的震撼下，一舊政府工作人員舉報匪特隱藏的軍用物資、黃色炸藥1200多斤。鄉下的土匪也漸漸不敢入城。

經過兩個月的清剿，到8月底公開在海門境內活動的土匪漸趨減少。9月，以部隊干部為主，地方干部為輔組成工作隊，分駐各鄉，幫助各地進行民主改革，組織農會，發動群眾，揭發斗爭地主惡霸，清算其罪行，切斷了土匪在農村的關系。

派出武裝班跟工作隊下鄉，其主要任務就是剿匪反霸，捍衛民主政權。1950年初駐臺部隊被抽調去解放舟山，匪勢又開始猖獗。5月舟山解放，184團回駐海門，解放軍戰斗力加強，土匪活動有所收斂。

8月8日，人民解放軍在地方政府的協助下，對椒江、路橋、金清等地的土匪進行拉網式的大規模清剿。22日，對北岸桐峙山區土匪進行清剿，直搗其老剿。經此，南北兩岸大股土匪不復存在，不再對地方政權構成危害。

海門解放初，特情十分嚴重，既有軍統局撤離前潛伏的特務，又有大陳島國民黨駐軍派遣來海門刺探情報的，潛特還為敵機轟炸作向導，對海門的建設存在重大威脅。

海門直屬區成立后，即成立公安分局，1950年6月后又設立椒東、椒西、太和、楓山、椒江等派出所。1949年8月16日，首次破獲國民黨“浙江外海水上警察局”潛伏特務組，逮捕潛伏特務6人。

10月，偵破匪“國防部第三十六縱隊”椒江地下軍組織。至年底，公安干警共偵破匪特地下組織14股，潛伏的匪特組織基本上被肅清，其后主要是反敵派遣特務。1955年，一江山島、大陳島相繼解放后，匪特的潛在威脅不復存在。

為發動群眾，新政府組織群眾團體，推進政府工作。

1949年7月，中共海門直屬區區委成立海門工運工作組，區委副書記徐保民為組長，負責工運工作，陸續建立店員、工廠、碼頭、草帽、手工業、成衣、理發、人力車、挑水等9個產業、行業工會，至1951年6月已發展會員2483名。

1951年建立海門區總工會籌備委員會，籌備成立工會。同年12月27日召開第一次工會代表大會，成立海門區總工會，趙立祥當選為首屆總工會主席。

1950年，工會動員667名失業工人回鄉務農，組織120余名失業海員拆除海灘的破舊船，解決暫時困難，動員89名海員工人支援人民解放軍解放舟山及臺州灣近海島嶼。工會組織在維護社會秩序、恢復發展生產、協助政府推進政務等方面發揮了很大作用。

各鄉、村先后成立了農民聯合會。1950年11月召開海門區農民代表大會，成立海門區農民協會，程精業兼任農協主任。1951年召開漁民代表大會，成立漁民協會。

1950年6月，中國新民主主義青年團海門工作委員會建立，至1952年，有黨支部19個，團員278名。1952年召開新民主主義青年團海門區首屆一次代表大會，改為團海門區委，并選舉林正為書記。

1951年“三八”節召開海門區各界婦女代表大會，到會代表100多人。會后，各居委會成立婦女基層組織。1954年成立海門區民主婦女聯合會，丁原琴為首任婦聯主任。

1950年3月，在21軍城市工作隊的組織發動下，海門工商業聯合會籌備委員會舉行成立大會，主任委員王仲光，會員327戶。至1952年，下設酒醬、草帽、書紙、行商、竹木5個同業公會與24個小組。

在直屬區、鄉鎮的建政初期，各地都鬧干部“荒”。區委重視從實踐中發現、培養、使用干部。1953年區行政干部從1949年8月的128人，增加到250人，鄉干部人數也有很大增加。大部分干部都是稱職的。

建國初期的行政干部，有地方堅持干部、南下干部，還有許多是從本區選拔的工農積極分子。新吸收的知識青年干部，充滿革命熱情，但大部分不了解情況，缺乏群眾工作經驗，語言不懂，城鄉深入工作進程艱難。