上海
撰文丨王聰
編輯丨王多魚
排版丨水成文
過去幾十年來，組織塊水平（bulk-level）的轉錄組測序技術使得對腫瘤樣本的全面分析成為可能，研究人員得以將基因表達模式與患者的臨床結果相關聯。這種方法已成為腫瘤學的基石，通過將分子發現與實際預后意義聯系起來，連接了基礎研究與臨床驗證，這一范式至今仍被廣泛采用。近年來，隨著人們對腫瘤微環境（TME）的關注日益增加，腫瘤由多種細胞群體構成已得到廣泛認可，其中非惡性細胞也通過轉錄組重編程參與腫瘤發生及影響患者生存。然而，此前積累的大多數帶有匹配臨床信息的測序數據集均為 bulk-level 數據，無法解析特定細胞類型的基因表達情況，也無法探究其與患者預后、尤其是長期生存結局之間的關聯。
2026 年 6 月 11 日，復旦大學附屬腫瘤醫院虞先濬教授與施思主任醫師團隊合作（唐榕、金禮權、陳晨、廖穎娜、李丁茹為論文共同第一作者），在Cancer Cell期刊發表了題為：Mapping Cell Type-Resolved Transcriptomic Profiles to Patient Survival in Pancreatic Cancer 的研究論文。
傳統的組織塊水平（bulk-level）的轉錄組測序，無法將細胞類型特異性的基因表達與患者生存關聯起來。該研究整合了 152 例胰腺導管腺癌（PDAC）患者的單核 RNA 測序（snRNA-seq）數據與完整長期臨床隨訪信息，構建了一個將細胞類型解析的基因表達與總生存期相聯系的預后圖譜，并進一步構建了全球首個實現細胞類型分辨率的癌癥預后分析與治療靶點探索平臺——ctPANDA。通過該平臺，研究團隊鑒定了一個有前景的治療靶點——PLOD2，并開發出了一種概念驗證化合物，可有效降解 PLOD2 并抑制體內 PDAC 的進展。
單細胞分辨率的測序技術已成為分析腫瘤組織內不同類型細胞轉錄組的強大工具。其中，單核 RNA 測序（snRNA-seq）具有獨特優勢，可對冷凍保存的存檔組織進行分析，從而顯著縮短所需的縱向隨訪時間，并有助于大規模隊列的構建。這些特點使 snRNA-seq 特別適用于研究特定細胞類型基因表達與患者生存之間的關聯。
胰腺導管腺癌（PDAC）因其若干獨特特征，成為以單細胞分辨率將基因表達與患者生存關聯的理想模型。首先，PDAC 以預后極差而著稱，5 年總生存率（OS）約為 13%。即使接受根治性切除，中位生存期仍低得令人擔憂，僅為 10-30 個月。這種快速的疾病進展意味著大多數患者在五年內即達到終點事件（死亡），從而簡化了生存研究中的隨訪工作。其次，PDAC 的腫瘤微環境（TME）具有復雜且獨特的細胞組成。胰腺特有的外分泌與內分泌雙重功能，使得 PDAC 不僅包含惡性導管細胞和常規的間質/免疫細胞群，還含有分泌消化酶的腺泡細胞以及產生激素的胰島細胞。這種異質性凸顯了針對特定細胞類型進行預后分析在 PDAC 中的重要性。第三，與其他已有靶向治療改善療效的實體瘤不同，PDAC 缺乏有效的分子靶點。在細胞類型分辨率下對預后相關特征進行系統性分析，可能揭示這種難治性癌癥中可被靶向治療的脆弱環節。
在這項最新研究中，研究團隊整合了 152 名胰腺導管腺癌（PDAC）患者的單核 RNA 測序（snRNA-seq）數據和縱向臨床信息，對 120 萬個細胞進行分析，構建了一個將細胞類型解析的基因表達與總生存期相聯系的預后圖譜。
通過單細胞分辨率的空間轉錄組平臺，研究團隊進一步分析了 310 萬個細胞，并將其空間分布與治療響應相關聯。為推動轉化醫學研究，研究團隊開發了一個提供細胞類型層面預后洞察的交互式平臺——ctPANDA。基于該平臺，研究團隊鑒定出PLOD2是一個有前景的治療靶點，其在八種細胞類型中的高表達均提示預后較差。研究團隊進一步開發出了一種概念驗證化合物，可有效降解 PLOD2 并抑制體內 PDAC 的進展。
總的來說，該研究將預后分析從 bulk 水平推進至細胞類型分辨率水平，建立了連接基因表達與臨床結局的框架，為靶點發現和精準腫瘤學提供了可操作的新見解。
論文鏈接：
https://www.cell.com/cancer-cell/fulltext/S1535-6108(26)00257-6
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