《南部檔案》新的劇情中劇情分為兩條線，一條是張海鹽，另一條則是張海琪的這一路。張海鹽從張海琪那里得知了自己的好兄弟張海蝦還有復活的機會，需要找到南部檔案館深處的三味藥才可以醒來，于是冒險進入了地下的南部檔案館。

至于張海琪則是在布局殺莫云高，船王幫她查到了南安號傳出去的電報，接收電報的是軍閥，而且是北廉軍閥莫云高，她進入了莫系軍閥的營地，想殺莫云高，沒想到她刺殺的卻是陸俊祥，當初她親手抓住又放了的南部檔案館的犯人。

張海鹽在南部檔案館內部遇到了各種機關，靠著張海蝦留下來的提示，他成功的拿到了藥，不僅如此，張海鹽還識破了假扮何剪西的敵人，最后張海鹽算是順利的完成了任務，成功的復活了張海蝦，若不是他拿到藥，張海蝦很可能得死。

只是張海蝦復活之后，張海鹽還不知道真正的麻煩出現了，原因很簡單，因為張海蝦分裂出了另一個人格，也就是黑蝦。張海蝦的精神被黃昏草毒素撕裂了。

之前張海蝦就是中了黃昏草的毒，后來在南安號上又中了毒，毒素不僅攻擊身體，還直接侵入大腦、扭曲意識，把他原本完整的人格撕成了兩半。一半是溫柔、理智、擅長謀算的白蝦，保留著他過去全部的善良和冷靜，是張海蝦的原初人格；另一半是冷厲、瘋批、嗜血、不計后果的黑蝦，是毒素逼出來的求生本能，看誰都像敵人，甚至后來還親手殺過戰友來清理隱患。

從花絮和之前的預告中我們可以看到，他會在輪椅上吐血、狂笑、哭泣，再到面無表情地策劃一樁謀殺，白蝦和黑蝦交替接管他的意識，現實和幻覺的邊界被黃昏草徹底溶解。整整十三年，他就這樣被困在了自己的身體里，和另一個自己反復博弈。

這對于張海鹽來說是是最為痛苦的，當初若不是他犯了錯，張海蝦不會中毒不會癱瘓，后來若不是張海蝦在保護他，也不會上南安號，張海蝦得知真相之后無比痛苦。

不過張海蝦人格分裂，另一個人才是真正的瘋批，這人就是莫云高，莫云高當初被張起靈所救，于是居然生出了執念，不是感恩，而是想要研究張家人的血，想要抓住張起靈，研究出張家人的長生，自己實現長生。

盤花海礁案他得到了黃昏草，也得知了南部檔案館的存在，所以覆滅了南部檔案館，最后他借助黃昏草研究出了毒素，開始布局算計，要找出張起靈。不僅如此，后來他更是把邪神祖庭搬到南安號，后來自己研究長生。

他的長生研究，簡單說就三步。第一步是“制造毒源”。他派人秘密挖掘了明代沉船“五斗病號”，從船內封存物中提取出古代瘟疫病原“五斗病苗”，再和黃昏草雜交改良。這一下培育出了傳染性極強、能侵入神經系統的變種黃昏草，汁液觸皮即入，中毒者先是幻覺癲狂，繼而變成不受控的活尸，毒素還能借水源和空氣傳播。

第二步是“活人煉制”。他以盤花海礁為起點，把整片海域變成了露天實驗室，那些倒掛在礁石上、臉上掛著詭異微笑的“望鄉水鬼”，都是他第一批失敗的實驗犧牲品。

之后他變本加厲，在南安號商船最底層秘密修建了血池實驗室，把抓來的活人扔進毒藤窟，試圖通過感染和萃取，人工提煉出類似麒麟血的長生物質。他甚至針對張家人獨有的基因缺陷，研發了專門的神經毒氣——在這種毒氣面前，麒麟血再純、活得再久都沒用，張海琪就是中毒之后才衰老，最后只剩下兩個月性命，不得不找張啟山求援。

第三步也是他終極的野心，是用南安號布下死局。這艘船不是普通商船，本身是張家百年前為轉移西王母長生術資料而建的移動檔案庫，底艙藏著邪神祖庭的秘密祭壇。

莫云高霸占南安號，把底艙改造成了核心實驗場，計劃等船抵達東南沿海時引爆全船濃縮黃昏草毒素，拉千萬人陪葬，以這場生化浩劫為代價，逼迫隱藏在南洋的張起靈現身，奪取他完整的麒麟血。

不得不說莫云高是真的瘋批，但是他做夢都沒想到自己間接造就了另一個瘋批，這個瘋批就是張海蝦，張海蝦復活之后因為黃昏草的毒素，生出了黑蝦這個人格。

后來張海琪和張海鹽聯手，讓莫云高差點慘死，而莫云高把自己的身體浸泡在南安號的血池中，他相當于變相實現了長生，身體變異，甚至他的計劃發動，想要利用毒素害死千萬人。

張啟山幫了張海琪，最后張海鹽和張海琪等人聯手對付莫云高，沒想到的是滋生出第二個人格的張海蝦讓黑蝦人格接管了張海蝦的身體，駕駛裝滿炸藥的潛艇直沖南安號底層，引爆了邪神祭壇。

莫云高那具早已被生化實驗反噬、半人半植物、靠著機械義肢勉強維系的軀體，在這場爆炸中徹底燒成了灰燼。隨著火焰吞噬底艙，他竊取張家血脈、獵殺張家人、妄圖篡奪長生的瘋狂計劃，也一并化為灰燼。

張海蝦才是真正的瘋批，比起莫云高還要瘋狂，所以莫云高雖然贏了張海琪，最后卻輸給了張海蝦。不過他雖然瘋狂，卻也幸運，如果他活著，黃昏草的劇毒沒有解，第二人格反噬的隱患沒有消，他沖入血池，和莫云高有一些類似，實現了另一種長生，因為黃昏草的毒不僅僅作用在身體上，還作用在意識層面。

最后他和莫云高一樣，雖然在爆炸中身軀化為灰燼，可是他們的精神還活著，原著中張海鹽得到了張海琪的檔案之后去尋找張起靈，而何剪西的口袋邊緣露出半枚刻著海字的銅牌，他應該是寄生在了何剪西的身上，也算是變相的實現了長生。

只是莫云高的寄生字那船艙的碎片中，而張海蝦則是寄生在了何剪西的身上，實現了變相的長生。