1948年，中央研究院第一屆院士選舉，人文組名單是：吳敬恒、金岳霖、湯用彤、馮友蘭、余嘉錫、胡適、張元濟、楊樹達、柳詒徵、陳垣、陳寅恪、傅斯年、顧頡剛、李方桂、趙元任、李濟、梁思永、郭沫若、董作賓、梁思成、王世杰、王寵惠、周鯁生、錢端升、蕭公權、馬寅初、陳達、陶孟和。

這個名單有個特點就是左翼的郭沫若當選，而蔣介石的座上賓錢穆卻落選。1966年錢穆始獲中研院院士提名，錢穆依舊對第一屆院士選舉憤憤不平：“民國三十七年第一次選舉院士，當選者多到八十余人，我難道不該預其數！”

郭沫若在大革命時期寫了著名的討蔣檄文《請看今日之蔣介石》，號召全國軍民起來反蔣，結果成了國民政府的通緝犯，不得不流亡日本。郭沫若在日本苦心研究古史學和甲骨文、金文，成就一代史學大師。

胡適在日記中寫下了向薩本棟、傅斯年發出的中央研究院第一次院士選舉人文組的人文部分的擬提名名單，其中就有郭沫若而沒有錢穆。

中央研究院的第一屆院士選舉，是以學術貢獻為標準的。郭沫若雖然有共產黨背景，痛罵過蔣介石，并沒有影響郭沫若的當選。1947年10月27日，代表歷史語言研究所列席評議會的夏鼐在日記中詳細記著：

上午評議會繼續審查名單。關于郭沫若之提名事，胡適之氏詢問主席以離開主席立場，對此有何意見。朱家驊氏謂其參加內亂，與漢奸罪等，似不宜列入；薩總干事謂恐刺激政府，對于將來經費有影響；吳正之先生謂恐其將來以院士地位，在外面亂發言論。巫寶三起立反對，不應以政黨關系，影響及其學術之貢獻；陶孟和先生謂若以政府意志為標準，不如請政府指派；胡適之先生亦謂應以學術立場為主。兩方各表示意見，最后無記名投票，余以列席者不能參加投票，無表決權，乃起立謂會中有人以異黨與漢奸等齊而論，但中央研究院為Academia Sinica［中國的科學院]，除學術貢獻外，唯一條件為中國人，若漢奸則根本不能算中國人，若反對政府則與漢奸有異，不能相提并論。在未有國民政府以前即有中國（國民政府傾覆以后，亦仍有中國），此句想到而不須說出口，中途截止。故對漢奸不妨從嚴，對政黨不同者不妨從寬。表決結果，以十四票對七票通過仍列入名單中。

郭沫若當選可以說是實至名歸，完全是對郭沫若學術的肯定，政治立場反而不是大家所考慮的。竺可楨曾在日記中寫道：“渠曾閱研究院院土錄，見有郭沫若之名，知研究院之能兼收并蓄。”

郭沫若研究古代文獻和甲骨文、金文，研究中國古代史，開創了唯物史觀新史學。董作賓說郭沫若的《中國古代社會研究》,“把《詩》《書》《易》里面的紙上史料，把甲骨卜辭、吉金文里面的地下材料，熔于一爐，制造出來一個唯物史觀的中國古代文化體系”。

錢穆和郭沫若不一樣，專搞傳世文獻不接觸考古，是一個“對中國傳統文化抱有一種溫情和敬意”的文化保守主義者。錢穆的成名作是《劉向、劉歆父子年譜》、《先秦諸子系年》，一個中學生的學歷靠自學成為史學大家也算是民國的一個奇跡。錢穆沒有當選院士一個原因就是學歷不行沒有留學背景，夏鼐在《中央研究院第一屆院士的分析》說，“除了人文組有六位未曾到外國受西式的教育以外，其余都有曾出過洋……以留美的為最多，占全體院士60.5%。其次為英德法及日本……至于國內所受的教育，六位人文組的從未出國受西式教育的院士，四位是前清科舉中出來的（進士、舉人、廩生各一人，一未詳），兩位是國立大學本科或研究所（即畢業院）畢業的。”

錢穆還存在嚴重的門戶之見、意氣之爭，對胡適、傅斯年和王國維的考據研究有很大的偏見。錢穆說：“胡適義推王靜安為近代第一學者。王氏所著《人間詞話》、《宋元戲曲史》、金元史、甲骨文研究、紅樓夢研究等，皆近屬專門，非通學。其學術基礎皆植根于革命前亡清遺老。……此真不愧為亡清一遺臣，又豈得為民初開國一學人？”

郭沫若在網上經常被人嘲諷“鐵骨錚錚郭沫若”，有人罵郭沫若是“弄臣”“御用文人”“御貓”……毫無半點學術味道。那么大師錢穆表現又如何呢？

錢穆雖然是蔣介石的帝師和座上賓，在院士選舉上卻沒有得到什么特別優待，反而落選。錢穆對蔣介石是很有感情的，還專門寫了篇《屢蒙總統召見之回憶》，從1943年開始就被蔣介石召見，“坐定，私瞻總統神采奕奕，若無倦容”，國民黨敗退臺灣以后，錢穆在蔣介石心目中地位更高了。錢穆說，“此后我每年必來臺，每年必蒙總統召見，或賜茶、或賜宴，從容垂詢，必歷時始退”，還把蔣介石與孫中山相提并論，“中山先生與總統，雖勛業彪炳，將來必長垂史籍”。

1967年，在蔣介石屢次邀請下，錢穆到臺灣定居，蔣介石專門撥款為錢穆修建了一所別墅，即“素書樓”。

蔣介石80大壽時，錢穆獻祝詞稱蔣為：“誠吾國歷史人物中最具貞德之一人。稟貞德而蹈貞運，斯以見天心之所屬，而吾國家民族此一時代貞下起元之大任，所以必由公勝之也。”李敖諷刺說：“知識分子反動到這步田地，真太令人失望！回想錢穆當年給我寫信，標榜‘學問’與‘德性’的關系，如今‘學問’竟不勝阻止‘德性’的淪落，我真忍不住為他悲哀！”

李敖在錢穆去世的時候說，“錢穆與當權者關系，是可恥的。蔣介石利用錢穆的反動，來哄抬政權；錢穆利用蔣介石的反動，來得君行道，結果，人越丟越大。被蔣介石‘倡優畜之’的結果，他曲學阿世，大儒立場盡失，去朱子遠矣！”

同樣是歷史學家，郭沫若被人罵得很多，錢穆卻被人罵得很少，在學術上郭沫若并不低于錢穆，在人格上錢穆也不見得比郭沫若高。