在全國眾多省級軍區中，防區面積最大的就是新疆軍區，這是因為新疆屬于我國最大的省份。

不僅如此，新疆軍區的轄區范圍還會涵蓋甘肅和西藏的部分區域，包括負責西藏西北端的阿里地區防務的阿里軍分區，以及負責甘肅和外蒙邊界防務的東風泉邊防連，都由新疆軍區管轄。

使得新疆軍區成為全國眾多省級軍區中，唯一一個防區范圍涵蓋三個省份的軍事單位。

從級別編制的角度說，新疆軍區自從1985年百萬大裁軍那一年成立伊始，就屬于兵團級，也就是副大軍區級，新疆軍區的司令員和政委是標配的中將，要比全國任何一個其他的省級軍區級別要高，其他的省級軍區皆屬于正軍級建制，無非是后來西藏軍區和北京衛戍區的軍政主官高配副大軍區級而已。

既然新疆軍區防區面積最大、管轄的防區范圍最廣、級別編制最高，那么新疆軍區究竟由誰管呢？

首先在七大軍區時代，新疆軍區歸屬蘭州軍區管轄。

包括新疆軍區在內，全國各個省級軍區都是由所在大軍區管轄，根據大軍區所轄省份的數量，來決定下轄省級軍區的數量。

比如濟南軍區主管山東省和河南省兩個省的防務，那么濟南軍區就管轄解放軍山東省軍區、河南省軍區這2個省級軍區。

而新疆軍區所在的新疆屬于蘭州軍區的防務范圍，除了新疆之外，還有甘肅、青海、寧夏、陜西這4個省份也是蘭州軍區的防區，所以陜甘寧青四個省級軍區也都由蘭州軍區管轄。

新疆軍區的軍政主官，有時甚至會轉任蘭州軍區的主官副職或升任蘭州軍區的主官，比如新疆軍區司令員朱錦林中將在卸任后，就轉任蘭州軍區副司令員；還有新疆軍區政委劉雷中將，卸任后就直接升任蘭州軍區政委，這可被視為新疆軍區隸屬于蘭州軍區的一個佐證。

隨著軍改進程的開啟，七大軍區被撤番，并在此基礎上改制成立了新的五大戰區，根據戰區防區的重新分配，西部戰區領導指揮四川、甘肅、青海、寧夏、新疆、西藏、重慶共七省區市的武裝力量。

這是不是就意味著新疆軍區就轉隸到西部戰區序列呢？

實則不然。

西部戰區領導指揮川甘青寧疆藏渝七省區市的武裝力量，指的是領導指揮駐防所在省份的部隊，比如駐扎在青海西寧的陸軍76集團軍、駐扎在四川成都的77集團軍等等，并不代表西部戰區可以指揮這七個省份的所有省級軍區。

一方面，省級軍區在軍區改戰區的軍改進程中，絕大部分都改變了隸屬關系，專門把總參的動員部單拎出來升格改制成副戰區級的軍委國防動員部，成為軍委直轄的15個職能部門之一，作為省級軍區的直接領導部門。

這就意味著，全國眾多省級軍區，歸屬于國防動員部管轄，而非所在戰區管轄，畢竟國防動員部和戰區也沒有直接隸屬關系。

但新疆軍區、西藏軍區、北京衛戍區這三個省級軍區除外，它們因承擔作戰任務，被視為一支作戰勁旅，又不納入非作戰領導機關的國防動員部序列。

另一方面，全國絕大部分的省級軍區僅僅是作為國防動員單位，承擔國防動員、退役安置、征兵宣傳等非戰性職能，不再下轄作戰部隊了，比如浙江省軍區舟山警備區所屬的數個海防團和船運大隊就轉隸到東部戰區陸軍，改制為海防某旅；黑龍江省軍區下轄的某邊防團和烏蘇里江巡邏艇大隊轉隸到北部戰區陸軍，改制為邊防某旅等等。

縱覽全國，只有承擔作戰任務的京疆藏三個履行作戰任務的省級軍區還下轄有作戰部隊。

其中新疆軍區，幾乎擁有陸軍集團軍所有的編制兵力，比如新疆軍區特戰旅、陸航旅、防空旅、汽車運輸旅、炮兵旅等等，這都是陸軍集團軍才有的兵力配置，某種程度上說新疆軍區就是一種特殊的陸軍集團軍。

可見，新疆軍區既下轄有作戰部隊，還不納入國防動員部管轄，似乎更貼近戰區對所轄防區所定義的領導指揮轄區境內武裝力量的標準，應該接受西部戰區管轄才對。

實際上，新疆軍區是接受新疆黨委和陸軍的雙重領導。

一來，新疆軍區雖說都是陸軍部隊，且和陸軍集團軍有相似的兵力配置，但新疆軍區畢竟是標準的副戰區級單位，級別要比陸軍集團軍高，不可能接受同級的西部戰區陸軍領導機關指揮，所以新疆軍區和西藏軍區、北京衛戍區這三支部隊納入陸軍序列，不歸屬所屬戰區陸軍管轄，直接由陸軍總部領導，況且五大戰區陸軍也屬于陸軍總部領導。

二來，新疆軍區在承擔作戰任務的同時，還需履行已經轉隸到國防動員部的那些省級軍區所承擔的國防動員職能，充當所在省級黨委的軍事部、省級政府的兵役部，以至于新疆軍區也會有一位司令員或政委，被選為新疆的自治區黨委常委，即“戎裝常委”，這和其他那些沒有作戰功能的省級軍區是一樣的安排。

當然了，新疆軍區再怎么說也是擁有雄厚作戰能力的野戰部隊，一旦到了戰時，其地處西北邊疆，在西部戰區的防區內，仍得服從西部戰區的軍事部署。