光緒四年（1878年）一月，清軍將領劉錦棠率部進入塔里木盆地南緣的重鎮和田。在按清軍律例進行戰后戶口清查時，州府統計出了一組反常的數據：城內除了世居的本地百姓，竟盤踞著五千三百多名非大清戶籍的外來人口。經核查，這些人絕大多數來自英屬印度。

十九世紀六十年代，清朝內部接連遭遇太平天國與捻軍起義，西北軍政資源被極度壓縮。同治三年（1864年），新疆多地發生暴亂，地方官府的基層建制癱瘓。次年，中亞浩罕汗國的軍官阿古柏趁機越界入侵，先后攻陷喀什噶爾、葉爾羌、和田等地，在南疆建立起割據政權。

阿古柏能夠迅速成事，直接背景是沙俄與英國在中亞地區的利益博弈。沙俄趁亂出兵，強占了北疆的伊犁地區；而統治印度的英國，為了防止沙俄勢力繼續向南亞次大陸滲透，決定將阿古柏政權扶植為阻擋沙俄南下的緩沖地帶。同治十三年（1874年），英國派出官方外交使團，與阿古柏簽訂了《英阿條約》。該條約使得英國在當地獲得了設立外交領事館、英國商品免關稅流通的特權。

面對新疆淪喪的局面，清廷內部在光緒元年（1875年）爆發了“海防”與“塞防”的戰略爭論。直隸總督李鴻章主張放棄新疆，將有限的財政全部用于東南沿海防御。陜甘總督左宗棠則提出新疆是西北邊防的物理屏障，堅決主張出兵收復。最終，清廷采納了左宗棠的建議，任命其為欽差大臣督辦新疆軍務。左宗棠采取“先北后南、緩進急戰”的策略。為了解決后勤，他在甘肅設立蘭州制造局引進德國機床生產開花炮彈，并委托胡雪巖向外國銀行高息借款一千多萬兩白銀以籌集西征軍費。光緒二年（1876年），裝備了克虜伯后膛炮的清軍分批出關，先收復北疆，隨后向南疆推進。光緒三年（1877年），阿古柏在庫爾勒暴斃，其殘部迅速潰敗。

清軍收復和田后，這五千多名外籍人員的處置問題，直接擺在了清廷的決策層面前。這是一個極為棘手的外交與軍事難題。

如果按照常規戰時軍法，將這些依附敵軍的外籍人員全部處決，必定會引發嚴重的國際沖突。當時英國駐華公使威妥瑪正以云南“馬嘉理案”為政治借口，迫使清政府簽訂不平等條約。大英帝國遠東艦隊的主力在東南沿海頻繁活動。如果清軍在和田大規模處決具有英國臣民身份的人員，英國軍方立刻就能以“保護僑民”為由，對清朝沿海港口發動軍事打擊，阻斷清廷的經濟命脈。

如果直接將這五千人遣返回印度，后果同樣嚴重。這些人在南疆生活經營多年，對塔里木盆地的綠洲分布、隱秘水源通道，以及清軍的兵力部署、武器配置情況非常熟悉。將他們無條件放歸，等同于把新疆的邊防地形圖和軍事情報全盤交給了英國軍部。

如果將他們繼續留在城內聽之任之，清軍的后勤根本無力負擔。當時的西征軍費大多靠舉債籌措，糧秣需要從幾千里外的陜甘地區用駱駝和騾馬轉運，運輸一石糧食的成本往往需要耗費幾十石糧食。動用極其昂貴的軍糧去供養五千名身份可疑的外籍人員，違背基本的軍事常理。況且，讓一個龐大的外國情報網絡繼續盤踞在邊陲重鎮，隨時會引發新的邊疆動亂。

接到前線呈報后，左宗棠沒有采取激進的強制手段，而是下達了嚴格的甄別指令。他要求軍中調集精通多種語言的譯員，對這五千多人逐一進行身份登記、職業記錄和背景核查。整個盤查工作十分繁瑣，持續了數周之久。

根據核查結果，左宗棠將這些人分為三類進行處理。

第一類是掌握火器維修和機械制造技術的熟練工匠，共計數百人。清軍沒有將他們遣返，也沒有將他們留在南疆，而是派兵將其押解至數千里之外的甘肅蘭州制造局。這些外籍技術人員被編入兵工廠，在清軍的看管下，參與清朝新式槍支的銅帽底火和開花炮彈的仿制工作。這一舉措補充了西北兵工生產的技術短板，客觀上提升了駐疆清軍的彈藥自給率。

第二類是從事普通貿易的商人與手工業者，占據了這五千人的絕大多數。左宗棠向他們提供了兩個選擇：愿意離開的，限期自籌路費出境；愿意留下的，必須徹底放棄外籍身份，按照大清保甲制度重新登記入戶。留居者需要遵守清朝律法，更換服飾，不得再尋求英國領事裁判權的保護，并全額繳納厘金與常稅。通過這一行政手段，清政府剝奪了這批人的治外法權，將龐大的外國商團打散，納入了普通的民政管理體系。

第三類是攜帶測繪儀器、地形圖紙以及軍事情報的間諜和軍事教官。對于這部分核心人員，左宗棠下令將他們隨身攜帶的所有物證原封不動地裝箱。隨后，清政府通過總理衙門，將這批人員連同間諜證據一并移交給英國駐華使館。面對確鑿的物證，英國使館失去了借題發揮的法理依據，無法以保護平民的理由進行外交訛詐和軍事干涉，只能接受人員被遣返的事實。英國在南疆建立的基層情報網絡被徹底物理拆除。

在解決外籍人員問題的同時，清軍和當地百姓也對阿古柏政權進行了清算。阿古柏死后，其長子曾將其尸骨運回喀什噶爾，并耗費重金修建了陵墓。清軍收復喀什噶爾后，當地民眾與士兵扒開了陵墓，將阿古柏的尸骨挖出，直接焚燒成灰。

戰事平息后，左宗棠通過實地勘察，得出單靠軍事駐扎無法長久維系邊防的結論。他在新疆沿途推行屯田水利，在驛道旁大規模種植樹木以防風固沙。更核心的舉措是，他多次向清廷上奏，陳述新疆孤懸塞外的建制弊端，要求在新疆設立行省，推行與內地完全相同的府州縣行政管理制度。光緒十年（1884年），清廷正式批準新疆建省，劉錦棠出任首任新疆巡撫。新疆在行政體系上徹底與內地整合，從根本上消除了外國勢力利用制度真空進行滲透的政治空間。