他被任命為115師重要職位，因特殊原因無法前往，曾在敵后戰(zhàn)斗一年，堅(jiān)持請求返回延安！

1937年4月的祁連山仍被殘雪覆蓋，西路軍殘部在亂石坡間穿行，歐陽毅裹著半條舊棉被，扶著驢鞍一步一停。他在隊(duì)伍里名義是紅5軍團(tuán)保衛(wèi)局局長，此刻卻更像一名普通流浪者——缺水、缺糧、還要隨時(shí)提防馬匪和騎兵的冷槍。那次艱難的東返給他留下了兩樣?xùn)|西：一身病痛，和對保衛(wèi)工作的執(zhí)念。

突圍成功已屬不易，更難的是穿過河西走廊后的無人區(qū)。為換口熱粥，他在張掖的土地廟前鋪紙賣字，寫“自強(qiáng)不息”四個(gè)行草大字換回半升豆子。隊(duì)友回憶，夜里風(fēng)如刀割，他蜷在廟檐下，手卻一直壓著那只裝滿豆子的布袋，生怕再失去什么。也就是那時(shí)起，他的胃病與失眠便如影隨形。

年底抵慶陽，他才得知中央已批準(zhǔn)他的養(yǎng)病申請。可剛躺進(jìn)延安東山腳下的窯洞沒多久，中央軍委一紙調(diào)令，要求他進(jìn)入抗日軍政大學(xué)學(xué)習(xí)充電。那時(shí)的延安講究“不當(dāng)懶人”，他也不好多言，只得捂著胃口、扣緊皮帶，背著被服進(jìn)了課堂。

兩年后，抗大總校改編為八路軍第五縱隊(duì)，羅瑞卿掛帥，師生帶槍直插華北敵后。1939年7月出發(fā)以前，會議室里一片嘈雜。羅瑞卿問：“老歐，能行嗎？”他咳了一聲，拄著折疊拐杖回答：“走得慢，但跟得上?！币痪湓捵屓珗霭察o。就這樣，他被任命為副參謀長，管行軍路線和安全保衛(wèi)。

敵后道路難料。原定直取晉西南，可數(shù)次日偽合擊把縱隊(duì)逼得北拐，經(jīng)忻口、靈壽，一路摸進(jìn)陳莊。120師彭紹輝團(tuán)為護(hù)送主力，白天踏著亂石河床行軍，夜里才摘下草帽煮野菜。進(jìn)入蟠龍時(shí)，每個(gè)人都像從土里刨出來，塵土裹住眉毛，誰也看不出誰是教員誰是學(xué)員。就在這里，歐陽毅的胃痛變成了胃出血，夜里血嘔到褥子上一大片。

1940年6月，總校準(zhǔn)備再遷黎城。院務(wù)會上，張際春遞給他一封調(diào)令，開口半帶商量：“你干脆留下，當(dāng)政治部副主任吧？”他搖頭：“藥都配不上，身體拖后腿。我得回延安。”旁邊參謀低聲勸：“真走？路不近啊?！彼麌@口氣：“再難的路，也得先把命保住?！睂υ挾潭處拙?，定下歸途。

返程和來時(shí)一樣艱苦。黃河以東的頑軍設(shè)卡截糧，他只得帶兩名學(xué)員繞山穿溝，夜宿破廟，晝伏夜行。行至榆次，北風(fēng)呼嘯，衣服凍成冰甲。幾經(jīng)輾轉(zhuǎn)，直到當(dāng)年11月才踏進(jìn)延安城?？傉尾繉⑺仓迷跅罴?guī)X招待所，小窯洞里生著火盆，雪夜?fàn)t火映紅墻壁，他卻整宿睡不著，咳聲在洞頂回蕩。

翌年春天，中央準(zhǔn)備加強(qiáng)山東根據(jù)地建設(shè)。電報(bào)飛來：調(diào)歐陽毅出任115師政治部副主任，協(xié)助羅榮桓穩(wěn)住膠東。消息剛到，延安保衛(wèi)部門卻急了——鋤奸部正在整頓情報(bào)體系，正缺能鎮(zhèn)得住場子的老人。機(jī)關(guān)討論多次無果，最后在窯洞里，干部處負(fù)責(zé)人拍板：“身體是本錢，讓他留后方?！彪娫捘穷^，羅榮桓沉默片刻，“那就保重身體，前線缺人也不能硬來。”

于是，歐陽毅留任總政鋤奸部副部長，繼續(xù)處理突擊搜捕、情報(bào)篩查和干部審查的繁雜事務(wù)。1943年前后，他偶爾主持夜談，語速慢卻切中要害，“保衛(wèi)工作不是抓幾個(gè)特務(wù)就完事，情報(bào)鏈要堵死，信任鏈更得疏通。”年輕學(xué)員聽得入神，暗中記下要點(diǎn)。

1947年3月，胡宗南大軍撲向延安，機(jī)關(guān)西遷清涼山。歐陽毅坐老式騾車，沿洛川小路南撤。槍炮聲隔著黃土峽谷悶悶傳來，他仍堅(jiān)持在車上編寫《保衛(wèi)工作須知》，邊寫邊咳，旁人勸他歇一歇，他擺手：“趁腦子還清楚，多寫一頁是一頁?！?/p>

解放戰(zhàn)爭結(jié)束后，他被任命為中央社會部副部長。但常年虛弱，時(shí)好時(shí)壞，1953年起多次住院，職務(wù)一直懸在那里，并未再上臺階。60年代初，總政為他在北京專門安排一處小四合院，檔案里備注“隨時(shí)體檢，量力用之”。他偶爾到機(jī)關(guān)開短會，更多時(shí)候在院里寫回憶錄，重溫那段從祁連山到延安的歲月。直到晚年，他仍保留著那只寫著“自強(qiáng)不息”的舊布袋，字跡早被汗水模糊，卻始終沒有丟。