1930年冬季，執掌哈密地方數十年的沙親王病逝，其子聶滋爾承襲回王爵位。新繼位的聶滋爾年紀尚淺，性情懦弱，既沒有父輩多年在地方經營積攢的威望，也缺少統籌地方事務的能力，沙親王在位時期遺留的各類民間矛盾，全部在新王繼位之后集中爆發，哈密各處百姓再度抱團請愿，堅持要求裁撤世襲王府建制，落實改土歸流。

聶滋爾眼見全境民情激憤，僅憑王府護衛根本無力壓制此起彼伏的民眾訴求，萬般無奈之下，攜帶巨額金銀財物趕赴迪化，登門拜見當時執掌新疆全省政務的金樹仁，希望依靠省府的力量保住世襲王位。

金樹仁早就有意借著時機廢除哈密回王舊制，將哈密劃為省轄行政區，收到聶滋爾的求助之后，順勢敲定處置方案，一紙政令調任聶滋爾出任木壘河縣縣長，以委派官職的名義，將這位世襲回王軟禁在迪化省城，切斷他與哈密屬地之間的所有聯系。

處理完回王之后，金樹仁著手拆分原哈密王府的大片轄地，在原先的封地范圍之內新設哈密、宜禾、伊吾三座縣級行政區，正式在哈密全境推行省府直管的行政制度，擱置沿用數百年的回王世襲治理模式。

新政落地初期，當地民眾滿懷期待，普遍認為改土歸流能夠徹底告別昔日王府無休止的徭役盤剝，往后可以安心耕種田地，安居樂業。

原本寄望新政脫困的民眾，眼見惠民承諾淪為一紙空談，對省轄新政的失望瞬間達到頂峰，原本擁護改土歸流的民眾轉而抵觸官府各項舉措，原本趨于緩和的地方矛盾再度急速升溫。

就在哈密本土矛盾持續發酵的同時，來自河西的難民遷徙，進一步加重了哈密的民生壓力。1928年之后，國民軍入駐甘肅，接連和省內各路地方武裝爆發戰事，加上甘肅全境連續數年遭遇特大干旱，安西、玉門等河西沿線州縣農田大面積絕收，數萬百姓失去賴以生存的土地，淪為流民，順著河西走廊一路向西逃難進入新疆，絕大多數難民最終落腳在哈密城郊與鄉間。

金樹仁依托同鄉人脈，委任親信龍協麟全權負責這批甘省難民的安置工作，為了妥善解決流民的耕種口糧問題，龍協麟遵照省府指令，直接從當地維吾爾民眾手中劃撥成片成熟熟地，無償分給外來難民耕作。

世代依靠土地謀生的原住民，在沒有任何土地補償、沒有新墾荒地補給的情況下憑空失去田產，大量農戶瞬間淪為失地流民，生存無從著落，民眾對省府的怨恨再次加深。

另一邊，此前依靠回王特權攫取土地與徭役收益的王府貴族、各級地方頭目，在改土歸流之后失去了全部特權，切身利益遭遇重創，這群舊勢力不甘心就此落敗，常年游走在哈密各個村落之間，暗中散布各類煽動言論，不斷挑動民眾和省府之間的對立情緒。

失地之苦、提前征稅之怨、舊階層暗中挑撥，多重矛盾層層纏繞，哈密全境的社會局勢緊繃到臨界點，任何一樁突發事件，都有可能點燃大范圍民變的引線。

1931年爆發的小鋪事件，最終成為引爆哈密事變的直接導火索。小鋪坐落于哈密東部，是一座連通農牧交界的小型集鎮，駐守此地的省軍軍官張國璘，強行迎娶當地維吾爾族都爾嘎阿伯的女兒，這段婚事違背當地長久以來的民俗習慣，雙方矛盾持續激化，在多次協商無果之后，當地民眾集結起來擊殺張國璘以及隨行部屬。事件發生的消息傳到迪化，金樹仁立刻派遣劉希帶領官軍奔赴小鋪，打算以武力鎮壓起事百姓。

官軍進入村鎮之后大肆搜捕、隨意追責，激起周邊各村百姓集體反抗，官軍陷入民眾的合圍伏擊，整支部隊近乎全軍覆沒，最后僥幸生還的士兵不足四人。

官軍慘敗的消息快速傳遍哈密全境，積攢多年的民怨徹底沖破束縛，各處民眾紛紛拿起農具、土槍揭竿而起，原本局限在小鋪一地的沖突，迅速擴散成席卷整個哈密的大規模民變。緊鄰哈密的鎮西地區，維吾爾、回族、哈薩克各族民眾紛紛響應起事，陸續組建多支武裝隊伍，四處攻打官府據點與駐防官軍，至此，震動全疆的哈密事變全面爆發。

事變初期，各地自發組建的民變武裝大多由本地農牧民構成，缺少制式槍械與正規的后勤補給，面對新疆省府源源不斷調來的主力部隊圍剿，很難長期獨自堅守。

為了尋找外援打破被圍剿的困局，哈密起事首領商議之后，選派專人翻越戈壁前往甘肅酒泉，聯絡彼時駐守當地的馬仲英。

此時馬仲英麾下部隊被南京國民政府收編為新編第三十六師，正盤踞酒泉整訓兵馬，一直伺機尋找進入新疆拓展地盤的機會，收到哈密求援訊息之后，馬仲英當即敲定入疆計劃，率領主力部隊從河西西進，第一次領兵踏入新疆地界。

馬仲英部入疆之后，和金樹仁麾下的新疆省軍接連在哈密、鄯善、吐魯番多地展開拉鋸作戰，原本局限在哈密一地的民變，順著天山南路快速蔓延，戰火一路燒到迪化近郊。