湖北
1961年，李琪出任北京市委常委、宣傳部長，他上任以后，堅持文藝的“二為”和“二存”方針，一再提醒宣傳部的工作人員：文藝革命既要積極，又要慎重，“文藝革命兩點論，一要緊，二要穩，同時要準備反復”。在李琪的領導下，北京市委的宣傳工作很快步入正軌，他也因此深受北京市委第一書記彭真的器重。
1963年，江青打著“戲劇革命”的旗號，到北京來搞所謂的“調查研究”。北京市委決定由李琪與江青聯系，李琪雖然接受了這一任務，但在回到家后對妻子李莉說：“江青不好共事，又是主席夫人，萬一出了問題，非同小可。這對我個人事小，對市委事大。”
此后李琪在和江青打交道的過程中，一直謹言慎行，給她以應有的禮遇。但江青在文藝上推行的是極左路線，平時也非常專橫跋扈，時間長了以后，李琪看清了江青究竟是個什么人，他和江青的矛盾也越來越激化了。
1963年12月，京劇《地下聯絡員》排練完成，定于12月某日正式上演，頭三場的票已經售出。開演前夕，江青來看彩排，當場沒有表示意見，卻在回去后立即給李琪打電話，對這個戲橫加挑剔，不許上演。最終已經售滿的三場戲只好退票。
江青
本來，一出新排的戲不可能盡善盡美，有缺點可以不斷加工提高，江青卻來了個“突然襲擊”，顯然是有意給北京市委一個“下馬威”，以炫耀她的權勢。李琪深知江青這么做不僅是對著他來的，更是沖著北京市委和彭真來的，此后江青找他開會、看戲，他都盡量推托。
1965年，李琪到房山縣黃辛莊搞“四清”，他以為這樣就可以避開江青，感到很高興。不久以后，江青卻以談工作為名，把李琪叫到了上海。李琪到上海后，江青卻不見他，每天只讓張春橋從中傳話。直到半個月后，江青才召見李琪，而且一見面就指責他說：“不準老子試驗，老子到別處試驗！”
李琪聽后大怒，拂袖而去，事后他生氣地對別人說：“我這個人是寧折不彎，我這個宣傳部長又不是專管文藝的，把我叫去，兩個多禮拜不見，真是豈有此理！”
李琪回到北京后，給彭真寫了一封信，控訴江青“像皇太后”，“比西太后還壞”。李琪還對李莉說：“江青如此胡來，我總有坐牢、殺頭的一天，你思想上要有準備。”他已經意識到，這是一場殊死的斗爭。
李琪和妻子李莉
1965年底，由江青幕后指揮、姚文元在上海《文匯報》上拋出的《評新編歷史劇＜海瑞罷官＞》一文，將批判的矛頭指向北京市副市長吳晗。李琪看到這篇文章后，深知這次批判一定是江青在上海發動的，批評北京市的副市長，又不向北京打招呼，這是有意將北京的軍，他在市委工作會議上一再強調：“吳晗在民主革命時期是左派，反右時也是左派。”
1966年2月，李琪在北京市委宣傳部全體干部會上激動地拍著桌子說：“嘉靖皇帝那么殘暴，有些宰相進諫，一句話不中他意，就被亂棍打死。而海瑞不顧個人生死，敢于上罵皇帝，這種為國家不顧生死的精神是可貴的。我們今天有一些共產黨員還不如明代的海瑞。”他還指出姚文元的文章“簡單化，不是一分為二”，“對歷史人物，破容易，立就難了。別看姚文元寫了批判文章，要讓他寫出正確評價海瑞的文章，就不那么容易了”。“指出別人臉上有麻子是容易的，但要讓你治好別人的麻子，就不容易了。”在烏云密布的當頭，李琪的這番話說得多么痛快淋漓！
1966年5月16日，報紙開始公開點名批判李琪，但他處變不驚，他在這一天還找市文聯的同志一起研究《北京文藝》的工作，并坦然地說：“今天報上點了我的名，只要不撤我的職，不停止我的工作，我就要堅守工作崗位。”
報紙批判李琪的文章
但沒過多久，李琪被扣上種種莫須有的罪名，并經常遭到批斗，甚至辱罵和毆打。但李琪始終頭腦清醒、心胸坦蕩，他說：“我同江青在工作中有分歧，有不同意見，我究竟犯了什么錯誤？報紙上點名批判我包庇了一位歷史學家，歷史將證明這位歷史學家是不是犯了錯誤。”
1966年7月10日，李琪因不堪批斗中的辱罵與迫害，選擇結束了自己的生命，終年52歲。李琪去世前給妻子留下遺書說：“歷史將證明我是無罪的！”
“四人幫”倒臺后，中共中央為李琪恢復了名譽，并肯定了他堅持原則的行為。
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