在我國目前的副部級國家局中，有一個國家局叫作“國家中醫藥管理局”（具體由國家衛生健康委員會管理），依照法律、法規和國務院、國家衛生健康委員會授權，統一管理全國中醫藥工作。而在國家中醫藥管理局誕生前，全國范圍內沒有獨立的中醫藥管理機構，中醫工作也是一直由原衛生部管理。但長期以來，衛生行政部門卻是用管理西醫西藥的模式來管理中醫中藥，且對中醫工作重視不夠，自覺或不自覺地把中醫擺在從屬地位，致使中醫問題沒有得到根本解決，中醫界反映十分強烈。對此，黨中央、國務院先后5次討論中醫問題，原衛生部也6次向國務院打報告反映改革中醫藥管理體制問題。

從歷史發展脈絡來看，最早是在1986年1月4日，國務院常務會議決定成立國家中醫管理局；六個月后的1986年7月20日，國辦印發了《國務院關于成立國家中醫管理局的通知》（國發〔1986〕79號），通知中提出：為了進一步加強中醫工作，提高中醫在我國醫療衛生事業中的地位，充分發揮中醫中藥防病治病的作用，國務院決定成立國家中醫管理局。同年10月，國務院任命時任衛生部副部長胡熙明兼任國家中醫管理局局長，后于1986年12月正式組建成立國家中醫管理局并由原衛生部代管（緊接著，衛生部中醫司被撤銷）。

此外，上述《通知》還明確了國家中醫管理局的機構性質和運行體系，即國家中醫管理局是國務院直屬機構，由衛生部代管，計劃、財政單列戶頭；其主要任務是管理中醫事業和中醫人才培養等工作、繼承發揚中醫藥學，為建設具有我國特色的社會主義衛生事業、提高我國人民的健康水平服務。當時，國家中醫管理局編制為八十人，下設必要的副司局級機構，行政后勤工作由衛生部統一管理。

1988年5月3日，國務院決定將國家中醫管理局更名改建為“國家中醫藥管理局”，在此過程中將中藥管理職能由國家醫藥管理局劃歸國家中醫藥管理局，中國藥材公司也成為國家中醫藥管理局直屬單位。1989年1月，《中國中醫藥報》創刊，該報是國家中醫藥管理局的機關報，也是全國中醫藥戰線的專業性報紙。2013年3月，國家人口和計劃生育委員會的計劃生育管理和服務職責與衛生部的職責進行整合，組建國家衛生和計劃生育委員會，不再保留衛生部，由此國家中醫藥管理局轉由國家衛生和計劃生育委員會管理。

在之后的時間里，國家中醫藥管理局不斷發展壯大，但其職能任務也相繼經歷了多次的調整改革，比如根據《國務院關于部委管理的國家局設置的通知》（國發〔1998〕6號），將國家中醫藥管理局負責的中藥生產行業管理職能交給國家經濟貿易委員會、將國家中醫藥管理局負責的中藥監督管理職能交給國家藥品監督管理局；同時還要求國家中醫藥管理局轉變職能，即將中醫醫院評審、教育質量檢查、一般科技成果的鑒定與推廣等事務性工作授權直屬單位或委托社會中介組織承辦。

現階段，國家中醫藥管理局主要職責為擬訂中醫藥和民族醫藥事業發展的戰略、規劃、政策和相關標準，承擔中醫醫療、預防、保健、康復及臨床用藥等的監督管理責任，負責監督和協調醫療、研究機構的中西醫結合工作（并擬訂有關管理規范和技術標準），負責指導民族醫藥的理論、醫術、藥物的發掘、整理、總結和提高工作，組織開展中藥資源普查及促進中藥資源的保護、開發和合理利用，組織擬訂中醫藥人才發展規劃，擬訂和組織實施中醫藥科學研究、技術開發規劃，承擔保護瀕臨消亡的中醫診療技術和中藥生產加工技術的責任，組織開展中醫藥國際推廣、應用和傳播工作等等方面。

在領導班子構成方面，國家中醫藥管理局設有“一正四副”，其中國家中醫藥管理局局長兼黨組書記一般都是同時入選國家衛生健康委員會黨組成員，但現任國家中醫藥管理局局長、黨組書記由國家衛生健康委員會副主任、委黨組成員劉金峰兼任，至于其他四位副局長則是屬于“中管正廳級”干部。

在機構設置方面，國家中醫藥管理局內設有綜合司、人事教育司、規劃財務司、政策法規與監督司、醫政司、中西醫結合與少數民族醫藥司、科技司（中藥創新與發展司）、國際合作司（港澳臺辦公室）和機關黨委，并下轄機關服務中心、監測統計中心、中國中醫科學院、國家中醫藥博物館、中華中醫藥學會、中醫師資格認證中心（職業技能鑒定指導中心）、中國中醫藥科技發展中心(人才交流中心)、《中國中醫藥報》社有限公司、中國中醫藥出版社有限公司等直屬單位。