天啟七年九月，剛登基的崇禎碰到了麻煩事，東江銀餉奏請由五十七萬八千兩暴漲至一百萬兩。這讓本就不喜毛文龍的崇禎，在收拾閹黨后回復給他三板斧 – 劃撥撫署（登萊）、清兵和裁餉。

崇禎元年八月，經兩次登島勘核（戶部黃中色和登萊道王廷試），明廷將東江兵額編定為2.8萬，士兵月銀七錢、口糧一斛。由此東江鎮年餉由前一年的銀糧各三十余萬（實發），分別降至銀23.52萬兩、米16.8萬石。

在此過程中除了毛文龍，第一個站出來反對的人是新任薊遼督師袁崇煥。

今且照該裁定二萬八千派餉，每兵照關寧一月銀一兩四錢、米一斛，歲該銀18兩8錢，米六石，二萬八千名共該銀47萬零400兩，米16萬8000石 ……
《度支奏議·覆登撫督師臺省覆定東江餉額數疏》

除了額兵，皮島還有6萬左右士兵家屬、難民等，加之“丁卯之役”后東江失去了位于朝鮮的屯田，僅靠新定年餉生存必然艱難。所以在兵額編定的情況下，袁崇煥認為只有餉銀雙倍，東江才能平穩維持下去（其它原因后文詳述）。

但此議被崇禎直接否決，并令戶部（銀餉）和登萊撫署（糧餉）從當年開始以新額派餉。

注：東江的糧餉分為津運（從南直隸漕糧中抽）和山東加派。在準備裁減東江年餉時（崇禎元年七月），崇禎就下旨要求山東將加派由十萬石降為八萬石。其后又因裁餉、停餉，山東此后實際停止了加派。

毛文龍最初的反抗和天啟朝時類似，除了上奏強烈反對裁餉，還多次以奏報“軍功”來凸顯東江的重要性。但崇禎的答復是，“文龍獻俘，似多非實 … 不得但以牽制虛聲藉口塞責”，毛文龍進而選擇了更為激進的對抗方式。

得知新定額餉的當月，毛文龍率船隊至登萊沿海一帶游弋并登陸登州夏家瞳（沒發生劫掠，自稱出海剿敵被暴風吹至山東）。雖然明廷和崇禎對此事未直接表態，但在軍餉上給予東江更為強硬的回應。

（崇禎二年四月初六具奏）據此，自去年十月到今，七月無糧矣。草根樹皮，遍山淘盡，如知我饑，乘機相犯 ……
《東江塘報節抄》

崇禎元年九月，以東江鎮按舊額（天啟七年）所領銀糧已超出新額為由，停發了當年的軍餉。接著下旨要求東江核算上報歷年錢糧數額，以證是否冒領。即東江年餉應為銀23.52萬兩、米16.8萬石，之前超出這個數的都是忽悠朝廷的騙餉。

按照新的年額，東江鎮至少在天啟七年和崇禎元年冒領了軍餉。正面回應就等同于認罪的毛文龍，就只能顧左右而言它了。

毛文龍先是回奏，這事我無法馬上答復，因為近幾年登州負責輸送的加派常有拖欠，他不能替山東背缺斤少兩的鍋。“豈歷年島餉錢糧，有取給于東省，而東省拖延未解者，耶然為數豈至若是之多？也容臣再行該省徹底清算以結殘局”。

其后在朝廷的催促下，毛文龍只得將東江歷年實收的銀、糧豆草、布、馬、火器、盔甲、兵器等一一羅列上報。雖然也將東江的艱辛（物價高、需養活的人太多、環境艱苦等等）盡述，但字里行間的數字也默默承認了冒領指控。

本年（天啟七年）收過京登餉銀三十三萬一千八百九十一兩有余，半買商米，半償商價；津登雜糧一十九萬九千七百三十石有余 …
如年來(崇禎元年)本折四十萬，南兵遼兵，均藉其食 …
《東江塘報節抄》

而崇禎和朝廷的回應對于毛文龍來說，不啻于晴天霹靂。

崇禎二年三月，明廷以登萊總兵楊國棟彈劾毛文龍十罪里的“私通粟帛、易敵參貂”，命令前往東江的商船，必須先至寧遠接受檢查。這種“海禁改道”，等同于掐斷了東江鎮的私有財源，接著崇禎要求東江得把歷年冒領全“吐出來”。

昨催登萊海防道臣（王廷試）錢糧，隨執手書云：今歲錢糧，部與布政司俱不肯發，要將往年多領者扣算。然臣以十余萬之乘，而受四十萬之餉，無衣無食，吁告九重，今反以二萬八千為額，復將上年領過錢糧，扣作今年糧餉 ……
《為三軍命若懸絲疏》

為防毛文龍不給錢，崇禎下旨戶部和登萊撫院，要求他們從崇禎二年應發東江的糧餉里直接扣減前兩年冒領的15.4949萬石，也就是崇禎二年只需撥付給東江餉米1.3051萬石，即“東江停餉”。

這期間袁崇煥在干嘛呢？他在“落井下石”。借著禁海和停餉，再次向東江提出議餉建議。

除了加倍銀餉之外，袁崇煥還提出將“餉道”由登萊至皮島，改為寧遠至皮島，也就是用遼餉來解決東江的缺糧問題。其目的有二：一，軍餉不足會導致東江自潰或投敵，這不利于遼事。二，袁崇煥要求毛文龍交權（或聽命于他）。

為了給朝廷施壓，也是為了加大自身籌碼。毛文龍在至寧遠議餉之前，再次率兵登陸山東并縱兵劫掠示威（名義上是針對登州撫署以及負責輸糧的商民）。不過毛文龍也做出一些妥協讓步，不再堅決反對裁餉，轉而要求以袁崇煥的提議派餉。

又見，戶部題覆督師疏題，東江□□兵二萬八千，派餉照依關寧，每兵一月，銀一兩四錢、米一斛。而戶部覆疏每兵一月，銀七錢、米一斛，不依督師議照關寧為例。本鎮揣，遼事委可擔當，定額無容再議，而糧餉必須照依關寧，絲毫顆粒決不可縮餉額。
《明清史料甲編》

值得注意的是，毛文龍的這個奏疏不是直接上呈明廷和御前，而是寄發給登萊道王廷臣。這意味著他此時還不愿意將矛頭直接指向朝廷，留有緩和、妥協空間。但朝廷比毛文龍認為的要強硬，不僅再次拒絕了袁崇煥的方案，還堅持要扣減東江冒領的軍餉。

到這個時候，東江不僅裁餉、停餉成為定局，還徹底惹怒了皇帝。朝堂上下普遍認為，毛文龍可走的路也就兩條了。要么主動卸甲歸鄉，仰明廷鼻息度日（如戚繼光）。要么擁兵自謀，或割據或投敵。督師袁崇煥會希望毛文龍選哪個呢？

所以崇禎二年六月，兩人雙島最后一次會面，毛文龍再次拒絕交權歸鄉之后。自認為需做出擔當并為常人所不為的袁崇煥才會暴起發難，也正是因此才有其后明廷的平淡反應以及崇禎的主動寬宥。