崇禎二年十月二十七日，后金兵分三路從薊鎮攻破邊墻。但直到次月四日，山海關四千援兵盡沒、重鎮遵化陷落的消息傳至京師，明廷才意識到這是后金大舉入寇，朝野內外也人心惶惶。

由于一時間聯系不上薊遼總督劉策和薊遼督師袁崇煥，毫無準備的明廷也拿不出應對方略，進而群臣奏請召回原“督師輔臣”孫承宗問計。

這里說點題外話，一些人總是想當然的認為，崇禎朝初東林借剿滅閹黨重掌朝堂并忽悠架空皇帝。真要如此，為何東林大佬孫承宗一直賦閑在家，直到需要人頂重責時才把他推出來？

十一月七日，崇禎下旨復起孫承宗并命他五日內入覲。但沒幾天崇禎收到袁崇煥率兵入衛的消息后又改了主意，發出兩份圣旨，一授袁崇煥總督各地勤王兵馬；二命孫承宗取消覲見至通州駐防（掛兵部尚書和中極殿大學士銜）。

注：由于袁崇煥曾兩次向朝廷預警薊鎮防御薄弱（后金可能在蒙古人的幫助下從此處破邊）。九月又派參將謝尚政率軍三千前往薊州協防（巡撫王元雅沒接受）。所以崇禎在袁崇煥入衛之初，還是非常信任他的。

不過孫承宗沒有依皇命行事，仍然選擇入京（十五日）覲見皇帝。原因不是覺得職銜太小或責任太重，而是對當下明軍的戰略部署有異議。

袁崇煥入衛后最大的軍事舉措（也是被人詬病最多的地方）是“援兵四集（薊州），盡行遣散”。撇除天馬行空的通敵，袁這么布置的主要原因有二。

其一，各鎮援軍驟集，一時間解決不了口糧問題，只能讓他們分散各城求食。其二，后金野戰能力強過明軍太多，只能先尾隨騷擾讓其不能分散劫掠補給，待勤王兵馬數量有了壓倒性優勢后再動手。

“臣聞袁宗煥駐薊州，滿桂駐順義，侯世祿駐三河，此為得策。又聞尤世威回昌平，世祿駐通州，似未合宜。”帝問：“卿欲守三河，何意？”對曰：“守三河可以沮西奔，遏南下。”承宗言：“當緩急之際，守陴人苦饑寒，非萬全策。請整器械，厚犒勞，以固人心。”
《明史·卷二百五十》

孫承宗并不是反對袁崇煥遣散各路援兵，他是覺得不能分的太散。一些相對不太重要的地方，應主動放棄以便在要點集中兵力。

比如昌平背靠居庸關，無需在此分兵駐守。密云方向地理上本就不便大軍出關，不如著眼于其南邊的順義。與其在通州駐守，不如合兵于三河，既可策應薊州，又可加強京師東面的防御 ……

或者說孫承宗和袁崇煥（也包括崇禎）對后金這次入寇的基本看法是一樣的，這既是危機也是機會。如果能將后金大軍拖在京畿并圍而殲之，遼東將可一鼓而定。

但崇禎雖然當面和孫承宗討論時 “所條畫俱稱旨”并表示“為朕總督京城內外守御事務，仍參帷幄”，心里并沒有真把孫承宗和他建言當回事。第二天就傳旨孫承宗，讓其依前命至通州駐守。

待孫承宗趕到通州不久，后金大軍就繞過薊州并兵至京師城下。后面一段時間孫承宗除了將麾下兵馬派往京師協防，就只能看著皇太極率大軍圍著京師轉圈，誘惑明廷玩“葫蘆娃救爺爺”，一支支地敲掉京畿的各部明軍。

皇太極的策略不僅有效消耗了京畿明軍，還改變了京師輿論以及明廷和崇禎的心態。袁崇煥的尾隨，被視為畏敵避戰乃至“通敵脅和”。原本的棟梁之材，在皇帝眼里也越來越像成事不足敗事有余的禍害。

十二月初一，崇禎以議餉為名，召袁崇煥入城并逮問。崇禎的行為，進一步加劇了京師軍民對關寧軍的猜忌。其后兩天陸續發生公開辱罵以及殺害關寧軍士事件，“城上人群詈為賊，投石擊死數人，所遣邏卒指為間諜而殺之”。

因恐被連坐降罪，十二月初四，祖大壽和何可綱率一萬五千關寧軍東奔山海關。孫承宗知悉后，急令麾下都司賈登科持手書去勸慰祖大壽，但祖大壽不相信孫的擔保，洗劫山海關后率軍出塞。不過他還是留了臺階，把出關解釋為去打朵顏部，“當出搗朵顏，然后束身歸命”。

孫承宗只得奏請崇禎下諭寬宥關寧眾將，并允許他派遣馬世龍持諭令出關勸慰。崇禎同意了孫承宗的奏請，并命其前往山海關撫慰和整頓關寧軍。崇禎三年正月，孫承宗剛撫平關寧眾將，危機又至。

得知袁崇煥下獄、關寧軍東奔，皇太極萌生了乘機逼降祖大壽和關寧軍的想法。崇禎三年正月初四至初八，在已控制遵化的基礎上，后金又連續分兵攻占永平、遷安、灤州，如果再拿下撫寧和昌黎，就把關寧軍和關內給隔斷了。

雖在孫承宗和地方官員的組織下，明軍守住了撫寧和昌黎，但形勢仍不樂觀。（注：后金攻擊昌黎前，孫承宗曾派數千關寧軍前往助守，但當地官員只接納糧草軍械，沒允許關寧軍進城。既有沒糧管飯的原因，也是怕客軍入城劫掠）

方京師戒嚴，天下勤王兵先后至者二十萬，皆壁于薊門及近畿，莫利先進。詔旨屢督趣，諸將亦時戰攻，然莫能克復。
《明史·卷二百五十》

此時趕赴京師的勤王兵馬已有十幾萬，但之前葫蘆娃救爺爺的戰損，尤其是滿桂率四萬兵馬崩潰于永定門外以及劉策反攻遵化的慘敗。不僅喪失大量精銳，也讓各路明軍氣泄而不敢出擊，大多駐扎在薊州和京師一帶觀望。

加之道路被阻隔，明廷也不知道山海關是否還在明軍手中（或者說關寧軍是否還忠于朝廷），所以一時間也沒人關心孫承宗和山海關。后孫承宗派死士沿海邊繞道去京師報信，兩邊才通了消息。

得知孫承宗已穩定關寧軍，明廷和崇禎遂將京畿軍隊指揮大權交由孫承宗。鑒于明軍之前的戰損，以及當下大部明軍不能戰也不敢戰的事實。孫承宗否決了馬世龍先攻遵化的建議，即放棄了圍殲后金主力于京畿的想法。

轉而議定東（勤王兵馬）西（關寧軍）兩面夾擊，并由南向北推進的半包圍擠壓策略。實際用意在于不圍死后金，讓他們知難自退（或者說見好就收）。

其后皇太極果然率后金主力原路北返遼東，后金占據的四城也由南至北（灤州、永平、遷安、遵化）陸續被明軍收復。至此“己巳之變”結束，孫承宗也因功被授繼續推進復遼大業。

編者附：

孫承宗再次接手遼事后，也遇到了“經撫不和”。時任遼東巡撫的丘禾嘉，在天啟朝就和孫承宗有齟齬。這次在兵部尚書梁廷棟的支持下，更是和孫承宗矛盾公開化，無視孫承宗的“虛遼實薊”大談“乘勝恢復”，并鼓動向錦州增兵以收復廣寧。

至崇禎三年十二月，孫承宗無心也無力與丘禾嘉糾纏，遂連上十一道奏疏請辭，但被崇禎否決。崇禎四年因救援大凌河失敗，孫承宗再次請罪乞辭，當年十一月獲準告老還鄉。