免疫學及寄生蟲學的開創
1.抗生素與免疫學的開創

施旺曾提出某些疾病可能是由一種胚芽引起的觀點，后來被人稱為"胚芽說"。巴斯德是第一個指出疾病是由一種寄生性原生動物引起的學者，他還認為所謂的胚芽就是細菌微生物。

60年代在法國南部流行蠶病，使法國的絲綢工業瀕臨破產，巴斯德懷疑蠶病是由微生物所致，便轉向這一專題的研究。1866年，他終于在桑葉上找到一種導致使蠶發病的微生物，這種微生物可以在病蠶身上找到，在健康的蠶身上卻沒有，于是他倡導隔離病蠶，燒毀病蠶蠶卵等措施，收到明顯效果。由于他拯救了法國絲綢業，有人提議為他建立金像。

炭疽病的流行曾使法國的牲畜大大減少，應法國政府的要求，巴斯德開展了防治炭疽病的研究。還在1863年，病理學家達外恩(1812-1882年，法國）曾在患炭疽病動物的血液中發現一種桿狀微生物，并宣布找到了炭疽病病源。

1880年，巴斯德從患霍亂的雞身上分離出純的病原菌，他把這種病菌的培養物注射到健康的雞體內，成功地誘發出這種病，這種細菌就叫巴斯德氏菌。由于一種偶然的機會，巴斯德把含這種菌的肉湯存放了個把月，然后再注入雞體內，結果他異常驚訝地發現，受注射的雞卻安然無恙。于是他繼續深入地實驗下去，結果證實：用減毒菌株注射會使雞產生對完全毒力菌株感染的抵抗力。他還發現與兩次傳代培養之間的時間間隔越長，減毒程度越大。

他說："在雞霍亂中，相對毒性最強的病毒還存著另一種狀態的病毒，它們的作用就象牛痘病毒相對于天花病毒那樣"，"同樣，雞霍亂病毒也能以毒性充分減弱了的狀態存在，它能誘發疾病，但并不能招致死亡。用這樣的方法處理，在動物恢復活力后，即便以該病毒毒性最強的株系接種，也能存活。"1881年，他把上述原理應用于炭疽病，當時人們知道禽類不受炭疽病自然感染，他認為這是由于家禽體溫高(44℃）的緣故。他便在44℃的試管里培養出了毒性降低了的炭疽病疫苗，疫苗對防止炭疽病的感染有明顯的作用，現場實驗也取得了圓滿的成功。

1882年，俄國生物學家梅契尼科夫用玫瑰刺扎進幼海星體內，他看到在刺的周圍聚集了許多變形細胞，這些變形細胞吞食著外來物質。他認為正是這些吞噬細胞形成了對感染的抵抗力。這一假說與體液免疫假說曾長期爭論，從而促進了免疫學理論的發展。

1884年，巴斯德從事狂犬病的研究工作，于次年發明了狂犬病疫苗。由于他創造了疫苗的生產方法，因而被后人視為經典性研究工作。

1888年，細菌學家納托爾(英國）研究血液對腐敗的抵抗作用。他把已知數量的炭疽桿菌加入到血清中去，只要細菌不太多，結果總會被血清殺死。次年，布克納等用其它細菌重復了上述實驗。后來查林等提供了經免疫后的動物血清中存有特殊抗菌物質的第一個例證。

通過上述開創性的工作，使免疫學和血清學在90年代獲得蓬勃的發展。

抗生素的研究和發現是微生物學最偉大的成就之一。

1874年，羅伯茨(英國）觀察到真茵對細菌生長的抑制作用，他說"我反復觀察到灰綠青霉生長旺盛的液體會使人工感染細菌困難。"但這一發現并未引起人們注意。第二年，巴斯德和朱伯特(英國）發現用炭疽芽孢桿菌培養物感染動物，也不會使動物發病。

1885年，巴比斯和科尼爾研究了細菌彼此間的互相作用，采用了交叉劃線的技術。這種技術后來應用來研究抗生素的作用和互相營養，并使加雷在1887年證明了銅綠假單胞桿菌會產生一種特殊的物質，它能抑制葡萄球茵及其它細菌的生長。在19世紀最后的十幾年里涌現了大量研究這種微生物的抗菌活性的論文。埃默奇等人相信這種活性物質是一種叫綠膿菌酶的物質。他們的研究，導致了青霉素和其它抗生素的相繼發現。

2.原生動物學與真菌學的開創

第一次觀察到病原原生動物的是列文虎克，1681年，他患腹瀉，在顯微鏡下他發現自己的糞便中有大量腸梨形蟲。后來他在嚙齒類動物和青蛙的腸道中也見到類似的微生物。

1718年，喬布洛特(法國）發表了第一篇研究原生動物的論文。1752年，希爾發現了草履蟲。1773年，生物學家米勒爾從人的唾液和牙垢中發現了毛滴蟲，他還對纖毛蟲類作了系統的分類，他命名的原生動物不下379種。到19世紀中葉，原生動物這一術語才被正式采用。

1840年，人們對于在淡水和海水中自由生活的原生動物和寄居在人和動物腸道或生殖道里的原生動物，已有一定了解。整個19世紀，都有少數專家專門觀察病人的糞便、血液及其它物質。1849年，格羅斯在人的口腔中發現了齦阿米巴；1854年，達文在霍亂患者的糞便中，觀察到了鞭毛蟲類的滴蟲和唇鞭蟲；1857年，馬爾姆斯坦發現了大腸纖毛蟲。

1852年，庫欽梅斯特(1821-1890年，德國），用動物研究了絳蟲的發育史，他以兔體內的豌豆形囊尾蚴喂狗，得到豌豆形帶絳蟲，以其卵喂兔得到蚴。3年后，他證明人吃了豬肉內的蚴，會患豬絳蟲病。

到80年代，法國軍醫拉瓦格在阿爾及利亞從瘧疾病人的血液里觀察到瘧原蟲的裂殖體。此后，病理學家戈爾基用了9年時間完成了瘧原蟲在人血液系統中的發育過程的研究，闡明了病人發燒高峰期與瘧原蟲裂殖生殖的相關性。他還證明，至少有3種瘧原蟲危害人類的健康。羅斯發現瘧原蟲在蚊蟲體內還經歷另一發育周期，而瘧疾是通過雌蚊叮咬傳播的。這樣，人們就開始采用消滅蚊子的方法來預防瘧疾。可以說，控制瘧疾是寄生蟲學在19世紀為人類做出的最大貢獻。

18世紀后半葉，人們對真菌致病的潛在能力還不清楚。最先認識的僅是植物病原菌。直到1832年，歐文(1804-1892年，英國）在紅鶴的肺里發現了鳥類曲霉病，人類才知道真菌對動物的感染。1837年，巴錫證明家蠶的白僵病是由真菌引發的。1839年，舍恩萊因最先在金錢癬病人的病灶內發現了真菌因子。1841至1843年間，格羅拜(法國）發現了頭癬小孢霉、發蘚菌以及常見的與金錢癬相關的真菌種類。此外伯格(瑞典）描述了引起鵝口皰的病原體白色假絲酵母。

1860年，卡特對足分枝菌病作了詳盡描述，但到1894年有人才在病灶中觀察到足腫放線蟲。總之，19世紀真菌學的發展是相對緩慢的。