崇禎二年六月初一，袁崇煥以十二大罪，私自斬毛文龍于雙島。事后明廷和皇帝非但沒有責難降罪，反而下旨寬慰。這到底是忌憚督師之權，還是明廷默認甚至期望此結果呢？

天啟元年五月在遼東巡撫王化貞的授命下，毛文龍率197名官兵深入遼東淪陷區并取得“鎮江大捷”。但在獻俘京師、皇帝告廟的歡慶時刻，遼東經略熊廷弼第一個站出來責難和彈劾毛文龍。

三方兵力未集，而文龍發之太早，致使奴恨遼人，焚戮幾盡。灰東山之心，厚南衛之毒；寒朝鮮之膽，奪西河之氣 … 目為奇捷，乃奇禍耳。
《明熹宗實錄·卷十四》

熊廷弼認為毛文龍貪圖小功，而破壞了平遼大計。如果說這是無辜受到“經撫不和”的波及，后面毛文龍就開始自己制造敵人了。

天啟二年東江設鎮后，為快速增強東江鎮實力，毛文龍不斷報功向朝廷施壓以求增餉增糧，同時也私自開展貿易并把目光瞄向朝鮮。不僅強逼朝鮮讓地和助糧，還動輒以奸細之名直接處死朝鮮邊民，以致朝鮮官員控訴“文龍與禽獸無異”。

這些挾功索賞、逼迫藩屬的行為，不僅朝廷針對東江的輿論發生偏移，毛文龍也迎來了他的第一波彈劾潮，如桀驁跋扈、糜餉冒功、傷殘屬國等等。但毛文龍并未在意，還和朝廷激化出新的矛盾。

東江設鎮以及毛文龍不斷索餉，明廷自然要依常規將東江鎮納入封疆管理體系，即在東江設巡撫（或劃歸山東巡撫），便于朝廷監管東江兵員和糧餉。但毛文龍各種理由反對為東江設置撫署，也不同意勘合東江兵員。

注：毛文龍反對設撫署的理由主要是，孤懸海外難以和朝廷及時溝通、文官掣肘會貽誤戰機；和朝廷官員（主要是山東）有矛盾，會被他們謀害 …… 不同意勘合的理由是，分散于千里海疆海島再加上不斷有遼民來投兵員也會持續擴充（最高時報兵二十萬）。

朝廷不能直接管你，也不能掌握你的兵馬數量，還得按你要求供給錢糧并容忍你私自貿易獲取財稅，那東江和藩鎮有啥區別？這不可能不讓明廷加深對毛文龍猜忌。所以一些毛文龍和女真接觸、交易的消息傳至關內，朝廷官員們懷疑毛有異心是很自然的事情。

面對朝廷的質疑和攻擊，毛文龍起初還可以用軍功和東江鎮牽制后金的戰略作用來讓明廷投鼠忌器。但沒多久，毛文龍就和朝廷兩位大佬“聯手”，擊破了這層保護。

而文龍來請餉，每以直搗奴穴為巳任，牽制奴不東為巳功。中朝惑其言，以為即未能搗奴而奴之不來，實文龍之力。不知文龍實不能制奴也。
《督師紀略》

督師輔臣孫承宗接手遼事后，對于毛文龍的評價是，靠吹牛忽悠朝廷。孫承宗的表態，間接逆轉了明廷對毛文龍的態度，此后針對他的彈劾不僅變多，還變得更嚴重。

比如山海關副總兵何可綱，“生文龍，國不幸。用文龍，朝廷不幸”。山東總兵楊國棟詳細列出毛文龍的“十大罪”（袁崇煥斬毛的十二罪來源于此）。工科給事中潘士聞彈劾他，克扣軍餉、坑騙殘殺客商、謊報軍功、未復遼東寸土等等。

不知毛文龍是未能知覺朝廷態度，還是無意和朝廷改善關系，他回以朝廷一道晴天霹靂。以回報王化貞當年的提攜之恩奏請朝廷，“愿將海外歷受官階，一一歸還朝廷，以贖化貞之死”。

一個被朝廷視為藩鎮的武將，說出這樣的話。朝廷是會覺得他功成不忘舊主，還是認為他這是挾重示威，甚至于逼迫朝廷，大家就各抒己見吧。

功罪原分兩途，信賞必罰，系朝廷操柄。毛文龍即使有功，豈得代人贖罪？況奴酋入犯，文龍全不知覺，牽制安在？輒敢言功，乃為失陷封疆之人求宥，藐視朝廷，是何法紀？
《明熹宗實錄·卷八十八》

天啟不僅嚴詞申斥，還公開責罵毛文龍和東江鎮毫無作用。天啟的這道批復，可以說是毛文龍命運的標志點。此后明廷和毛文龍的關系，快速惡化并再無回轉之機。

為控制毛文龍和東江鎮，天啟七年三月，兵部王永光和內閣黃立極提議將東江鎮由皮島移至旅順或蓋州，先交由遼東巡撫管轄。

由于時任遼東巡撫的袁崇煥行事過于操切，在朝廷還未制定出明確方案時，就派趙佑和徐敷奏至東江鎮著手接收事宜。毛文龍抓住機會，以趙佑和徐敷奏“招誘軍民叛逃”，捉拿了趙佑（徐逃回寧遠）并奏報朝廷將其斬于石城島。

措手不及的明廷不得不緩議移鎮之事，但對毛文龍的不滿和猜忌也進一步加深。崇禎登基處理完閹黨后，立刻就將矛頭對準毛文龍。命兵部重議東江移鎮事宜、以及要求戶部和登萊撫院勘合東江兵員。

崇禎元年四月和七月，戶部郎中黃中色、登州海防道王廷試分別至皮島核兵。最終定東江鎮兵籍2.8萬，年餉銀23.52萬兩、米16.8萬石（原額年餉銀30萬兩、米20萬石）。

崇禎遂傳旨照此撥付東江糧餉，并要求東江退還天啟七年和崇禎元年多領的糧餉，計米15.4949萬石。這個時候的袁崇煥，還在老家待業中。

毛文龍不愿意也拿不出這么多糧餉，崇禎就要求登萊撫院從當年應發糧餉里直接扣減，即“東江停餉”。皇帝和朝廷能不知道，一個軍鎮一年不發糧餉的結果么？可以說此時的毛文龍和東江，在明廷和崇禎眼里更像是必須處理的威脅。

毛文龍的回應，在崇禎和明廷看來就是在“肯定”自己的判斷。當年閏四月和八月，毛文龍兩次率兵渡海至登州鬧餉并放狠話，如取南京易如反掌 …… 崇禎雖然沒有直接表態，但從他其后十七年對于官員將領的態度可知，他心里必定想殺毛文龍。

理解崇禎的這個心理后，就能明白平臺召對（七月十四日）以及賜袁崇煥尚方寶劍時（七月二十四日，閣臣錢龍錫在場），崇禎為何兩次都提到調查毛文龍通敵一事。也能明白，袁崇煥離京前與錢龍錫談及毛文龍時說到“入其軍，斬其帥，如古人作手”時，錢龍錫不攔阻也不報告崇禎的原因了。

其實袁崇煥也沒一些朋友認為的那么想殺毛文龍。崇禎二年五月，毛文龍親赴寧遠，袁只是勸其放權，沒有動手。六月在雙島再次見面，袁也沒有直接動手，繼續嘗試勸其放權回家養老 ……

袁崇煥斬殺毛文龍后，就向朝廷匯報請罪。而崇禎的明旨答復是，毛文龍本就該死：

毛文龍懸踞海上，糜餉冒功，朝命頻違，節制不受，近復提兵進登，索餉要挾，跋扈叵測，且通夷有跡，犄角無資，掣肘貧礙。卿能周慮猝圖，聲罪正法，事關封疆安危，閫外原不中制，不必引罪 ……
《明清史料·甲編冊8》

既便有安撫督師、穩定封疆和平遼大業的目的，但能說崇禎沒有給毛定罪么？所以己已之變中處理袁崇煥時，就只能說“謀款斬帥”。換句話說“帥”不是被冤殺，而是袁在借“斬帥”行“謀款”。

附錄：右都督山東總兵楊國棟劾毛文龍十大罪

專閫海外八年，糜費錢糧無算，今日言“恢復”，明日言“搗巢”，試問所“恢”者何地？所“搗”者誰巢？鳳凰城、湯跕等處，若有一人守侯，不致鐵山陷失之慘，罪一；

設文龍于海外，原為牽制不敢西向也，數次過河，屢犯寧錦，全不知覺，牽制安在？罪二；

東偏接境朝鮮，輔車相依，乃日以采參、掘金大肆擾害，鮮寔不堪，致生擕貳，罪三；

鐵山既失，鮮半入敵，傷殘屬國，失律殞師，罪四；

難民來歸，冐充兵數，或任填溝壑，或仍罹鋒鏑，掩敗為功，罪五；

皮島孤懸海中，非用武之地，去歲與內臣合謀，請餉百萬，竭民膏血，以填苦海，罪六；

零星收降，捏報獻俘，假造謾書，欺誑朝廷，罪七；

私通粟帛，易敵參貂，藉是苞苴，為安身之窟，罪八；

通敵接濟，事出權宜，坑貨至百余萬，怨聲載道，死亡相繼，罪九；

島中遼民，總湊應點，不滿三萬，欲冐皇賞，冊開十五萬，從前侵克錢糧，不計其數，罪十；

《崇禎長編·卷十二》