長鏈非編碼RNA(lncRNA)在衰老過程中調控轉錄和表觀遺傳程序。然而,目前尚無系統性研究整合多層次分析來揭示其多樣化的調控作用。此外,具有治療衰老相關疾病潛力的lncRNA仍未被充分探索。
2026年3月31日,來自北京大學-清華大學生命科學聯合中心的韓敬東團隊在Nature Aging雜志發表題為“Multiomic single-cell perturbation screens reveal critical lncRNA regulators of senescence”的文章。
該研究基于 Perturb-seq 的 CRISPR-dCas9-KRAB 基因敲低系統,結合單細胞多組學分析,發現32個高豐度衰老相關lncRNA(PtbAlncs)。其中,HOTAIRM1是一種DNA修復相關的PtbAlnc,其缺失會損害DNA修復并觸發p53介導的細胞衰老。
此外,在老年小鼠肺部,腺相關病毒介導的HOTAIRM1過表達可減少纖維化、減輕組織損傷并促進細胞增殖,具有顯著的抗衰潛力。
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研究人員發現,在PtbAlncs中,HOTAIRM1在敲低后表現出顯著的衰老誘導表型,DNA修復相關轉錄組顯著變化,表明其在調控網絡中具有核心樞紐作用,因此,HOTAIRM1被優先選為代表性候選基因。
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隨后,研究人員探究了HOTAIRM1的進化保守性和表達動態。發現HOTAIRM1在包括恒河猴、小鼠、犬和犰狳在內的多種脊椎動物中均表現出保守的基因組比對。隨著肺成纖維細胞進入復制性衰老,HOTAIRM1的豐度不斷降低,并且在人類血液中也隨年齡增長而下降。
鑒于p53在DNA損傷反應中調控衰老和細胞凋亡的關鍵作用,研究人員假設HOTAIRM1缺陷通過激活p53誘導細胞衰老。與此一致,HOTAIRM1敲低增加了p53蛋白水平。此外,肺成纖維細胞的SA-β-gal染色顯示,p53敲低抑制了HOTAIRM1缺陷誘導的衰老表型,而p53過表達則恢復了這種表型,這支持了HOTAIRM1缺失下游的p53依賴性衰老。
最后,研究人員使用肺靶向腺相關病毒6 (AAV6) 載體,將HOTAIRM1OE構建體注射到自然衰老的20月齡小鼠體內,2個月后,收集肺組織進行組織學染色和免疫組織化學分析,以評估衰老表型和治療效果。發現HOTAIRM1過表達產生了顯著的效果,包括包括纖維化減少、炎癥病理減少和組織損傷降低。
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總的來說,該研究整合多組學框架解析了lncRNA在衰老和衰老過程中的調控作用。通過揭示PtbAlnc的共同和獨特機制,重點闡述了HOTAIRM1在細胞穩態、DNA修復和組織衰老中的作用,凸顯了其作為治療靶點的潛力。
參考文獻:
https://www.nature.com/articles/s43587-026-01100-7
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