武帝建元元年（前104年），劉徹采納董仲舒建議，“罷黜百家，獨尊儒術”。
四年后，又置五經博士，將儒學奉為官學。漢宣帝甘露三年（前51年），宣帝又在未央宮石渠閣詔諸儒講論五經異同，增設大小夏侯《尚書》、大小戴《禮記》、梁丘《易》以及《谷梁春秋》博士。東漢后，統治階級更加強思想的統制工作。漢明帝嘗在明堂而朝群后，“饗射禮畢，帝正坐自講，諸儒執經問難于前，冠帶縉紳之人，圜橋門而觀聽者蓋億萬計。”（范曄《后漢書》）
漢章帝則效石渠閣故事，在白虎觀大會諸儒，考詳五經同異，又命史臣著為通義，名為《白虎通德論》，簡稱《白虎通》，頒之全國。總之，自漢武帝起，儒學成為封建社會的統治思想，處于獨尊的地位。
漢代儒學的輝煌，與統治者對儒學的高度重視密不可分，而魏晉時期的儒學卻為何衰落了？
首先，動蕩的政局，儒學思想“難于進取”。
魏晉南北朝，為中國歷史上時局比較動蕩的一個時期。這一時期，穩定、鞏固的中央集權始終難以建立起來，“禪讓”十分頻繁，漢禪魏，魏禪晉，晉禪宋，宋禪齊，齊禪梁，梁禪陳，周禪隋，且每一次都充滿陰謀、充滿殺戮。
這種情況下，許多士族豪強地主想要篡權以自立，除了要具備雄厚的軍事實力，還要有思想裝器。可是正統的儒家思想盡管“可與守成”,卻“難與進取”。而如曹操，一反漢代以“德行為本”的選才標準，主張“唯才是舉”,不管“被褐懷玉，盜嫂受金者”,只要有才能，即可舉用。
而士人們，也深感儒學難以救世，難以保護自己，于是他們有的人不再拘于禮法，縱欲任誕。如阮籍，據載原有濟世之志，早年思想傾向儒家，因對司馬氏集團心懷不滿，又不敢明著反抗，于是歸宗老莊，經常酣飲。有的人則歸隱田園。如陶淵明，盡管年輕時有濟蒼生之雄心，但在任彭澤令時，被黑暗的政治現實所“擊倒”，掛印而去。
有的人則追求玄虛。如何晏，盡管身居要職，卻鄙薄世務，常常利用自己的威望，召集名士聚會，以清談消閑度日，寄托精神。
其次，玄學興起。
儒家學說經過有漢一代，成為獨守尊崇的經學。在漢代，經學大發展，至東漢末年，鄭玄汲取綜合前人成果，幾乎遍注各經。而魏、晉學者則認為，經學過于繁瑣支離，于是對經書重新作注。如王弱注《周易》上下篇，韓康伯又對《系辭傳》以下諸篇作了注；杜預重新注《春秋左傳》，何晏重新注了《論語》等。
可是就在此時，以老莊思想為主體的玄學早已興起，如注經書的王弱、何晏等均為玄學家，他們在解釋儒家經典時已在用老莊的思路了。
魏晉時期，玄學發展到了極點。西晉大臣如王衍之流竟清談而不理政事。最后西晉滅亡，王衍等玄學家被殺的不在少數。而東晉偏安東南一隅，對于經書，除鄭玄所注《毛詩》、《儀禮》、《周禮》、《禮記》外，其它都用魏晉人的注本，維持魏晉風氣，繼續兼用玄學。
再次，佛、道之風日盛。
在西漢創國之初，老、莊思想曾備受推崇，但自武帝“罷黜百家，獨尊儒術”，奉儒學為官學后，儒學就處于統治地位。
隨著進入政局動蕩的魏晉時期，儒學流弊日顯，很多士人見求儒不成便開始入道，刮起一股“尚無、談玄”之風。如顧炎武在《日知錄》中云：“正始（魏邵陵厲公，即齊王芳的年號）時名士風流，盛于雒下。乃其棄經典而尚老莊，蔑禮法而崇放達，視其主之顛危，若路人然，即此諸賢之倡也。自此以后，競相祖述。”至東晉，門閥士族力量更是發展到頂峰，更是背離儒學而以老莊解釋萬物。據《晉書·儒林》載：“有晉始自中朝，迄于江左，莫不崇飾華競，祖述虛玄，擯闕里之典經，習正始之余論，指禮法為流俗，目縱誕以清高，遂使憲章弛廢，名教頹毀，五胡乘間而競逐，二京繼踵以淪胥，運極道消，可為長嘆息者矣。”
而外來宗教—佛教，大約于兩漢之際傳入中國，但真正興盛于魏晉南北朝。
當時由于社會長期混亂，民眾生活走投無路，從佛教的“轉生”、“來世”找到精神安慰。另外，佛與道有相通之處。道家尚無，佛家尚空。“空”與“無”有相通之處。當時盛行“尚無、談玄”之風，因此佛教也開始大發展。
很多玄學人物后來都成為佛、道兼宗的人物。這一時期，一大批華人高僧出現了，如佛圖澄、道安、慧遠、曇鸞、法顯等。
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